结论前置：中介发工资扣银行手续费是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若双方有明确约定且该约定不违反法律法规强制性规定，则可能合法。
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这一条款明确规定了工资支付的方式和原则，即工资应当全额支付给劳动者，不得克扣。
手续费性质：
- 银行手续费是银行在提供转账服务时收取的费用，理论上应由转账方（即中介或雇主）承担。将这笔费用转嫁给劳动者，实际上是对劳动者工资的克扣。
实践中的处理：
- 在实践中，如果中介或雇主未经劳动者同意，擅自从工资中扣除银行手续费，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求中介或雇主补发被扣的工资，并可能面临相应的行政处罚。
二、双方有明确约定且不违反法律法规强制性规定时可能合法
约定优先原则：
- 在劳动关系中，虽然法律法规对工资支付有明确规定，但双方也可以通过协商，在劳动合同或相关协议中约定工资支付的具体方式。如果双方明确约定由劳动者承担银行手续费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定可能是有效的。
约定的合法性审查：
- 然而，即使双方有约定，也需要审查该约定是否合法。例如，如果约定导致劳动者的实际工资低于当地最低工资标准，那么该约定就是违法的，无效。此外，如果约定是在劳动者不知情或被迫的情况下签订的，也可能因显失公平或胁迫而无效。
实践中的建议：
- 为了避免纠纷，建议中介或雇主在签订劳动合同时，就工资支付方式、是否承担银行手续费等事项与劳动者进行明确约定，并确保约定合法、公平、合理。同时，劳动者在签订合同时也应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。
进一步思考：如果您遇到了中介发工资扣银行手续费的情况，首先应查看劳动合同或相关协议中是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，您可以向劳动监察部门投诉，要求中介补发被扣的工资。如果双方有约定但您认为该约定不合法或不合理，您也可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。