设施农用地转建设用地的费用承担问题，需根据具体费用类型和当地政策来确定，以下是对相关费用的详细梳理和解释：
新增建设用地土地有偿使用费
- 缴纳主体：市、县人民政府。此费用是国务院或省级人民政府在批准农用地转用、征收土地时，向以出让等有偿使用方式取得新增建设用地的市、县人民政府收取的平均土地纯收益。
- 费用承担：由于该费用是由市、县人民政府缴纳，因此最终承担者可能是通过出让方式获得建设用地的用地单位或个人，但这通常已包含在土地出让金中，不直接向原设施农用地使用者收取。
土地开垦费
- 缴纳主体：占用耕地进行非农业建设的单位。若设施农用地转建设用地涉及占用耕地，且建设单位无条件开垦或开垦的耕地不符合要求，则需缴纳此费用。
- 费用承担：由占用耕地进行非农业建设的单位承担，即如果设施农用地转建设用地是由某个单位或个人发起并实施的，那么该单位或个人需承担此费用。
耕地占用税
- 缴纳主体：占用耕地建房或者从事非农业建设的单位或者个人。
- 费用承担：直接由占用耕地进行建设的单位或个人承担。如果设施农用地转建设用地涉及占用耕地，那么发起并实施该转用的单位或个人需缴纳耕地占用税。
- 收费标准：以县（市、区）为单位，根据人均耕地面积的不同，适用不同的税额幅度。具体税额如下：
- 人均耕地不超过1亩的地区，每平方米为10-50元；
- 人均耕地超过1亩但不超过2亩的地区，每平方米为8-40元；
- 人均耕地超过2亩但不超过3亩的地区，每平方米为6-30元；
- 人均耕地超过3亩的地区，每平方米为5-25元。
- 经济特区、经济技术开发区和经济发达且人均耕地特别少的地区，适用税额可以适当提高，但提高的部分最高不得超过上述规定税额的50%。
征地补偿费
- 缴纳主体：用地单位。如果设施农用地转建设用地涉及征收土地，那么用地单位需向被征地单位支付征地补偿费。
- 费用承担：由用地单位承担，并支付给被征地的农村集体经济组织或农户。这包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等。
- 收费标准：
- 土地补偿费：一般为该耕地被征收前三年平均年产值的6-10倍。
- 安置补助费：按需要安置的农业人口数计算，每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的4-6倍，但每公顷被征收耕地的安置补助费最高不得超过被征收前三年平均年产值的15倍。
- 地上附着物和青苗的补偿费：由省、自治区、直辖市规定，具体补偿标准根据当地实际情况确定。
其他相关税费和费用
- 在设施农用地转建设用地的过程中，还可能涉及土地出让金、土地增值税、契税等其他税费和费用。这些费用的具体金额和计算方式需根据当地政策和实际情况确定，并由相应的缴纳主体承担。
总结与建议：
设施农用地转建设用地的费用承担问题涉及多个方面和多个缴纳主体。由于具体费用和标准受地区和政策差异的影响较大，因此在实际操作前，建议务必咨询当地政府或相关部门以获取最准确的信息。同时，应充分了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保合法合规地进行设施农用地转用。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。