当发现公司法人与实际经营者不符时，应采取以下措施来处理这一问题，以确保法律责任得到正确追究并维护自身合法权益：
明确法律责任
- 法人的责任：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司作为企业法人，以其全部财产对公司的债务承担责任。法人代表公司参与诉讼，公司对其经营范围内的行为负责。这意味着，无论实际经营者是谁，公司法人对外始终承担法律责任。
- 实际经营者的责任：如果实际经营者以公司名义对外开展经营活动，且行为属于职务行为，相关责任通常由公司承担。但若实际经营者存在超越职权、滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益等行为，如将公司财产与个人财产混同，实际经营者可能需要对公司债务承担连带责任。
确定诉讼对象
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条，当营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，应将两者作为共同诉讼人。因此，在起诉时，应同时列明法人和实际经营者为被告，以确保在胜诉后能够有更充分的责任承担对象。
收集证据
- 证明法人身份的证据：收集公司登记注册资料，包括营业执照副本、公司章程等，以确定在法律上代表公司的主体。
- 证明实际经营者身份及行为的证据：通过合同、文件往来记录、会议纪要、邮件、聊天记录等，证明实际经营者参与公司决策、管理、业务运营等方面的具体行为。
- 证明两者不一致的证据：收集能够体现法人与实际经营者在决策、执行等方面存在明显分离的证据，如法人从未参与公司日常经营决策的证明等。
诉讼过程中的应对
- 主张权利：在起诉状和庭审过程中，详细阐述法人与实际经营人不符的情况，说明实际经营者的具体行为及其与案件的关联，并根据事实和法律依据，明确要求公司和（或）实际经营者承担相应的法律责任。
- 庭审质证：在庭审质证环节，针对对方提出的证据和观点，结合已收集的证据，清晰地阐述法人与实际经营者在本案中的角色和责任，反驳对方不合理的主张。
- 配合法院调查：在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和取证工作，及时提供相关证据材料，并准备参加庭审，就案件事实和法律问题进行陈述和辩论。
法律风险防范与后续处理
- 及时变更登记：如果法人与实际经营者不符是由于登记信息未及时更新导致的，应尽快向登记机关申请变更登记，以符合《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的要求，避免面临责令改正、罚款甚至吊销营业执照等法律后果。
- 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，明确法人与实际经营者的职责和权限，避免出现职责不清、权限混乱的情况，从而减少法律纠纷的发生。
- 合规经营：实际经营者应依法合规经营，避免因违法行为而引发法律纠纷。同时，公司也应加强对实际经营者的监督和管理，确保其经营行为符合法律法规和公司章程的规定。
示例说明：
假设某公司A的法人为张某，但实际经营者为李某。由于李某在经营过程中存在违法行为，导致公司A面临法律纠纷。此时，债权人可以向法院起诉，要求公司A（法人张某）和实际经营者李某共同承担法律责任。在诉讼过程中，债权人需要收集上述提到的各类证据，以证明公司A和李某的责任。同时，公司A和李某也应积极应诉，配合法院调查，并根据事实和法律依据承担相应的法律责任。
特殊情况下的处理：
- 如果法人与实际经营者不符是由于公司内部股权变更、管理层变动等原因导致的，且已经按照法律法规和公司章程的规定进行了变更登记和公告，那么这种情况下的不符通常不会引发法律纠纷。但如果未及时进行变更登记和公告，就可能面临上述提到的法律风险和后果。
- 在某些特殊情况下，如公司A的法人张某已经离职或去世，但实际经营者李某未及时办理变更登记手续，此时债权人仍然可以向法院起诉要求公司A和李某承担法律责任。但李某在承担法律责任后，可以向公司A的其他股东或相关责任人追偿。
总结与建议：
当发现公司法人与实际经营者不符时，应首先明确双方的法律责任，并确定诉讼对象。同时，积极收集证据以支持自己的主张，并在诉讼过程中配合法院调查。此外，还应加强法律风险防范意识，及时办理变更登记手续，确保公司信息的真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。