针对多收了代理费并已退款的情况，核心处理原则是确保退款合法合规，并妥善留存相关证据以避免后续纠纷。以下是具体处理建议：

1. 确认退款合法性
   首先需核实退款是否符合法律规定及合同约定。若因自身失误多收费用，根据《民法典》第九百八十五条（不当得利返还）及第九百八十七条（恶意得利人责任），您有义务返还多收款项。若合同中明确约定了退款流程（如退款时限、方式等），需严格按约定执行，避免构成违约。

2. 完善退款流程与证据留存

   • 书面确认：要求对方签署《退款确认书》，明确退款金额、原因、时间及双方无争议等条款，避免对方事后主张未收到退款或对金额提出异议。
     
   • 转账凭证：通过银行转账、第三方支付平台等可追溯方式退款，保留转账记录作为证据。若为现金退款，需对方出具收条并签字按手印。
     
   • 沟通记录：保存与对方沟通退款事宜的聊天记录、邮件等，证明退款系双方协商一致的结果，而非单方行为。

3. 防范潜在风险

   • 税务处理：若已为多收款项开具发票，需根据《税收征收管理法》及发票管理办法，及时作废或红冲原发票，避免税务风险。
     
   • 合同终止或变更：若退款涉及合同解除或部分履行，需与对方签订书面协议明确权利义务终止或变更，防止对方以“未完全履行合同”为由主张赔偿。
     
   • 保密义务：若代理事项涉及商业秘密或个人隐私，退款时需提醒对方继续履行保密义务，并在协议中明确违约责任。

4. 特殊情形处理

   • 对方拒不配合：若对方拒绝签署确认书或收条，可通过录音、录像等方式固定退款事实，或通过公证送达退款，确保证据效力。
     
   • 退款后对方反悔：若对方事后主张退款不足或要求其他补偿，可依据退款确认书、转账记录等证据抗辩，必要时通过诉讼解决。
     

总结：多收代理费并退款的核心是“合法合规+证据留存”。建议优先通过书面协议明确退款细节，并妥善保存所有相关证据，以最大限度降低法律风险。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询细节。