结论：违法开工并非必须处罚后才能办理建设工程施工许可，但违法开工行为本身可能面临行政处罚，且未取得施工许可擅自开工属于违法行为，应依法承担相应责任。以下从不同角度详细分析：
一、违法开工与施工许可的关系
施工许可的法定性：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第七条，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。这是建筑工程开工的法定前提条件。
违法开工的后果：
- 如果建设单位未取得施工许可证擅自开工，根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，建设行政主管部门有权责令停止施工，限期改正，并处以罚款。这表明违法开工行为本身是不被允许的，且会面临行政处罚。
处罚与施工许可的独立性：
- 违法开工的处罚与后续办理施工许可并不直接相关。即使建设单位因违法开工受到处罚，也并不意味着其可以自动获得施工许可。建设单位仍需按照法定程序申请施工许可，并满足相关条件。
二、违法开工后的处理流程
停止施工与改正：
- 一旦发现违法开工行为，建设行政主管部门会首先责令建设单位停止施工，并限期改正。这是为了纠正违法行为，防止事态扩大。
行政处罚：
- 在责令停止施工和限期改正的同时，建设行政主管部门还会根据违法情节的严重程度，对建设单位处以罚款等行政处罚。
申请施工许可：
- 在违法开工行为得到纠正，并满足相关条件后，建设单位可以重新申请施工许可。此时，建设行政主管部门会依法审查申请材料，并决定是否颁发施工许可证。
三、法律建议与风险提示
遵守法律法规：
- 建设单位应严格遵守《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的规定，确保在取得施工许可证后再开工建设。这是避免违法开工风险的最有效方法。
及时咨询与沟通：
- 如果建设单位对施工许可的申请流程或条件存在疑问，应及时向当地建设行政主管部门咨询或沟通，以确保申请工作的顺利进行。
承担违法责任：
- 如果建设单位因违法开工行为受到行政处罚，应积极配合相关部门的工作，及时缴纳罚款并改正违法行为。同时，建设单位还应承担因违法开工可能引发的其他法律责任，如赔偿因违法开工给第三方造成的损失等。
总结：违法开工并非必须处罚后才能办理建设工程施工许可，但违法开工行为本身是不被允许的，且会面临行政处罚。建设单位应严格遵守相关法律法规的规定，确保在取得施工许可证后再开工建设。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。