公司只发现金工资并不一定违法，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从不同角度为您详细分析：
法律合规性角度
法定货币支付要求：
- 根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付。现金作为人民币的具体表现形式之一，是合法的支付手段。因此，从法律层面看，公司以现金形式发放工资是被允许的。
公司章程及内部规章制度：
- 工资的支付形式还需符合公司章程及内部规章制度的规定。若公司章程或相关制度明确规定了工资支付方式（如银行转账），则公司应遵循该规定。若未明确规定，则现金发放并不违法。
实践中的风险与影响角度
税务风险：
- 税务机关通常依赖银行转账记录来监管企业工资发放及员工收入情况。现金发放可能导致税务部门难以准确掌握企业薪资支出，进而怀疑存在隐瞒收入、偷逃税款等行为。一旦查实，企业和责任人将面临税务处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
劳动纠纷风险：
- 在劳动纠纷中，银行转账记录是重要的证据材料。现金发放缺乏明确的支付凭证，可能增加企业在处理劳动争议时的举证难度。例如，若员工主张未收到工资或工资数额有误，公司可能因无法提供有效支付凭证而承担不利后果。
财务管理风险：
- 大量使用现金支付工资会增加企业财务管理的复杂性和成本。包括现金的保管、运输等安全风险，以及财务核算和审计的准确性问题。此外，现金发放还可能影响企业的资金流动性和使用效率。
合法合规建议
确保支付方式合规：
- 公司应确保工资支付方式既符合法律规定，也符合公司章程及内部规章制度的要求。若公司章程或制度未明确规定支付方式，建议通过银行转账等电子化方式支付工资，以便更好地接受监管并保障自身权益。
建立完善的财务记录和税务申报机制：
- 无论采用何种支付方式，公司都应建立完善的财务记录和税务申报机制。确保薪资支付的透明度和合法性，避免因现金发放而引发的税务和法律风险。
特殊情况处理：
- 若公司因特殊原因需以现金形式支付工资（如员工无银行账户、紧急支付等），应确保有充分的理由和合理的解释，并尽可能保留相关证据和记录。例如，要求员工签署现金收据或确认书等文件，以证明工资已实际支付。
总结与提醒：公司只发现金工资并不必然违法，但需注意遵守相关法律法规、公司章程及税务和会计规定。为降低潜在的法律风险和财务管理成本，建议公司优先考虑通过银行转账等电子化方式支付工资。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为您提供专业的法律帮助。