行政处罚归档案卷中缺失材料，应当根据缺失材料的性质、重要性以及是否可补救等因素，采取相应的处理措施。具体处理方式如下：

1. 及时补正：

   • 如果缺失的材料是可以通过后续工作补全的，比如调查笔录、证据材料等，应当立即联系相关人员或部门，尽快收集并补正这些材料。
   • 补正材料时，应确保材料的真实性、合法性和关联性，避免补正的材料与原有材料存在矛盾或不一致的情况。

2. 说明情况并附卷：

   • 对于无法补正的材料，如某些一次性形成的证据或已经灭失的文件，应当在案卷中作出书面说明，解释材料缺失的原因和无法补正的理由。
   • 说明情况时，应尽可能提供其他相关证据或线索，以证明行政处罚的合法性和合理性。
   • 书面说明应作为案卷的一部分，与现有材料一同归档保存。

3. 内部审查与监督：

   • 行政机关应建立内部审查机制，对归档案卷进行定期或不定期的检查，确保案卷的完整性和规范性。
   • 如果发现案卷中缺失材料，应及时进行调查和处理，追究相关人员的责任，并采取措施防止类似情况再次发生。

4. 法律后果与应对：

   • 如果因案卷缺失材料导致行政处罚决定被撤销或变更，行政机关应依法承担相应的法律责任。
   • 在面对行政复议或行政诉讼时，行政机关应积极应诉，提供现有材料作为证据，并解释材料缺失的原因和无法补正的理由。
   • 如果因材料缺失导致行政机关败诉，应依法履行判决或裁定，并采取措施改进工作，避免类似情况再次发生。

5. 预防措施：

   • 为避免案卷缺失材料的情况发生，行政机关应加强档案管理培训，提高档案管理人员的专业素养和责任心。
   • 建立完善的档案管理制度和流程，确保案卷的收集、整理、归档和保存工作规范有序。
   • 定期对档案进行备份和存储，防止因自然灾害、人为破坏等原因导致档案灭失。