结论是：分居十二年起诉离婚，财产是否要跟对方一起分，不能一概而论，需要分情况讨论。以下是具体分析：
关于分居期间的财产性质
- 分居并不等同于离婚，在法律上，夫妻双方在分居期间仍然保持着婚姻关系。因此，分居期间所得的财产，原则上仍然属于夫妻共同财产，除非有特别的约定或者法律规定的例外情形。
- 如果分居期间，双方经济独立，且能够证明各自所得的财产是独立取得的，与对方无关，那么这部分财产可能不会被认定为夫妻共同财产，从而在离婚时不需要与对方分割。但这种情况需要充分的证据支持，如银行流水、收入证明等。
关于离婚时的财产分割原则
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
- 这意味着，即使分居了十二年，离婚时仍然需要按照上述原则来分割夫妻共同财产。如果双方无法达成协议，法院会综合考虑多种因素来做出判决，包括双方的贡献、经济状况、子女抚养情况等。
关于特殊情况的考虑
- 如果分居期间，一方存在隐藏、转移、变卖、毁损夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产的行为，那么在离婚分割财产时，对该方可以少分或者不分。
- 另外，如果双方有书面的财产约定，如婚前协议或分居期间的财产协议，且该约定合法有效，那么离婚时应当按照约定来分割财产。
建议：
- 如果你正面临这样的情况，我建议你首先收集并整理好分居期间的财产证据，包括银行流水、收入证明、财产购置凭证等，以便在离婚时能够清晰地证明各自的财产状况。
- 同时，你也可以考虑与对方进行协商，看是否能够达成财产分割的协议，这样可以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
- 如果协商不成，你可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况来判决财产的分割。在这个过程中，你需要提供充分的证据来支持你的主张。
最后，我想强调的是，离婚是一件复杂且敏感的事情，涉及到财产分割、子女抚养等多个方面。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议和支持。