小区侵占绿化的问题，主要由以下几个部门负责管理和处理：
物业服务企业：
- 直接责任：物业服务企业是小区绿化的直接管理者，依据与业主签订的物业服务合同，负责小区绿化的日常养护工作，包括浇水、施肥、修剪和病虫害防治等。当发现小区绿化被侵占时，物业服务企业应立即采取合理措施制止，如设置警示标志、要求恢复原状等，并及时向有关行政主管部门报告，协助处理。
城市园林绿化行政主管部门：
- 宏观管理与指导：该部门负责制定绿化规划和标准，审查新建小区的绿化设计方案，并对绿化养护质量进行监督检查。对于不符合要求的情况，会督促相关责任主体进行整改，以确保小区绿化达到规定标准。
- 查处违法行为：如果侵占绿化的行为违反了城市绿化法规，该部门有权进行调查、处罚，并要求责任人恢复绿地原状及支付罚款。
城市综合执法部门（城管部门）：
- 执法权力：依据城市管理法规，城市综合执法部门负责城市容貌和环境卫生的综合管理，包括查处影响城市整体市容市貌的绿化破坏行为。
- 具体措施：对于侵占绿化的行为，城市综合执法部门可以采取责令整改、罚款等措施，确保小区绿化的完整性和美观性。
业主委员会：
- 监督与决策：业主委员会代表全体业主利益，对物业服务企业的绿化管理工作进行监督，并在必要时要求整改。对于小区重大的绿化改造项目，业主委员会需组织业主讨论和表决，确保方案符合大多数业主意愿。
- 协商与投诉：业主委员会可通过召开业主大会、与侵权方协商沟通等方式，要求其停止侵权行为，恢复绿化原状。若协商不成，可向相关部门投诉或寻求法律途径解决。
法律背景与建议：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第九百四十二条，物业服务人应当按照约定和物业的使用性质，妥善维修、养护、清洁、绿化和经营管理物业服务区域内的业主共有部分。同时，《物业管理条例》和《城市绿化条例》等法规也对小区绿化的管理和保护做出了明确规定。
- 建议措施：当发现小区绿化被侵占时，业主应首先向物业服务企业反映情况，要求其采取措施制止并恢复原状。如果物业服务企业未能及时履行职责，业主可以向业主委员会投诉，由业主委员会协调处理或向相关部门报告。同时，业主也可以直接向城市园林绿化行政主管部门或城市综合执法部门投诉，寻求法律援助和保护。
可能后果：
- 如果侵占绿化的行为得不到及时制止和处理，可能会导致小区绿化面积减少、环境恶化，影响业主的居住体验和房产价值。
- 侵权方可能会面临罚款、恢复原状等法律责任，甚至可能因情节严重而承担刑事责任。
因此，保护小区绿化是每个业主的责任和义务，也是物业服务企业和相关管理部门的职责所在。当发现绿化被侵占时，应及时采取措施制止并寻求法律援助和保护。如果你有任何关于小区绿化侵占的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。