担保公司以自有资金存单为第三方提供质押，在符合法律规定和合同约定的情况下，是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律层面
质押的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，质押是指债务人或者第三人将其动产或者权利移交债权人占有，将该动产或者权利作为债权的担保的法律行为。存单作为一种权利凭证，属于可以质押的权利范畴。
- 担保公司作为存单的合法持有人，有权将其存单进行质押，以担保第三方的债务履行。
担保公司的资质与经营范围：
- 担保公司通常具备提供担保服务的资质，其经营范围可能包括为第三方提供质押担保等业务。
- 只要担保公司的质押行为在其经营范围之内，且符合相关法律法规的规定，就是合法的。
合同约定：
- 担保公司与第三方（债务人）以及债权人之间需要签订质押合同，明确各方的权利和义务。
- 合同内容应合法、合规，且不得违反法律法规的强制性规定。只要合同内容合法有效，担保公司的质押行为就是合法的。
二、实际操作层面
存单的真实性与合法性：
- 担保公司提供的存单必须是真实、有效的，且来源合法。
- 如果存单存在伪造、变造等情形，或者存单来源不合法，那么担保公司的质押行为就是违法的。
质押登记与公示：
- 根据相关法律法规的规定，某些权利质押需要进行登记或公示，以产生对抗第三人的效力。
- 担保公司在进行存单质押时，应按照规定办理质押登记或公示手续，确保质押的合法性和有效性。
风险控制与合规管理：
- 担保公司应建立健全的风险控制体系和合规管理制度，确保质押业务的合规性和风险可控性。
- 在进行存单质押时，担保公司应对债务人的信用状况、还款能力等进行充分评估，以降低质押风险。
三、可能存在的法律风险与后果
质押无效的风险：
- 如果担保公司的质押行为违反法律法规的强制性规定或合同约定，可能导致质押无效。
- 质押无效后，担保公司可能无法对第三方债务人行使追偿权，从而遭受经济损失。
法律责任与处罚：
- 如果担保公司的质押行为构成违法或犯罪，如伪造存单、诈骗等，将承担相应的法律责任和处罚。
- 担保公司还可能因违规操作而受到监管部门的处罚或行业自律组织的惩戒。
建议：担保公司在以自有资金存单为第三方提供质押时，应确保存单的真实性与合法性，按照规定办理质押登记或公示手续，并建立健全的风险控制体系和合规管理制度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。