核心结论：员工因签署违章协议被辞退的赔偿问题，需分情况讨论，主要取决于协议内容是否违法、辞退理由是否合法以及公司是否履行了法定程序。以下是具体分析：

1. 若“违章协议”本身违法（如免除公司法定责任、排除员工权利）
   根据《劳动合同法》第二十六条，此类协议自始无效，公司以此为由辞退员工属于违法解除劳动合同。此时员工有权要求公司支付赔偿金，标准为经济补偿金的2倍（即工作每满1年支付2个月工资，6个月以上按1年计算，不足6个月支付1个月工资）。
   示例：若员工工作3年，月工资1万元，则赔偿金为6万元。

2. 若“违章协议”内容合法（如员工自愿接受加班安排），但公司辞退理由不合法
   即使协议有效，若公司无法证明辞退符合《劳动合同法》第三十九条（如严重违纪、犯罪等）或第四十条（如不能胜任工作）的法定情形，仍构成违法解除。员工同样可主张赔偿金，计算方式同上。

3. 若公司辞退程序违法（如未提前30天通知、未通知工会等）
   即使辞退理由合法，程序违法也可能导致公司需支付代通知金（即额外1个月工资）或赔偿金。具体需结合地方规定和案件细节判断。

4. 若员工存在过错（如严重违反公司规章制度）
   若公司能证明员工行为符合《劳动合同法》第三十九条的法定情形（如盗窃、旷工等），则辞退合法，无需支付赔偿金或经济补偿金。但需注意：公司需承担举证责任，且规章制度需经民主程序制定并公示。

行动建议：

• 收集证据：包括劳动合同、违章协议、辞退通知、工资记录等；
  
• 核实辞退理由：要求公司出具书面辞退证明，明确理由；
  
• 协商或仲裁：优先与公司协商赔偿，协商不成可向劳动仲裁委申请仲裁。
  

如有进一步细节（如协议具体内容、辞退理由等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您详细分析。