结论：五年未支付股票转让款，若起诉时被告主张已超诉讼时效，您仍可通过以下方式维权：1. 主张诉讼时效中断事由；2. 协商或调解解决；3. 行使抵销权或履行抗辩权；4. 追究违约责任（如约定违约金）。以下为详细分析：

1. 主张诉讼时效中断事由，重新计算诉讼时效

诉讼时效并非绝对不可逆转，若存在法定中断事由（如您曾向对方催款、对方承诺还款、双方签订还款协议等），诉讼时效会从中断时起重新计算3年。

• 操作建议：收集催款记录（如短信、邮件、录音、书面函件）、对方承诺还款的证据（如签字确认的还款计划）、双方协商的记录等，证明诉讼时效曾中断。
  
• 法律依据：《民法典》第195条。

2. 通过协商或调解解决，绕过诉讼时效限制

若诉讼时效已过，但对方未明确提出抗辩（部分法院可能不主动审查时效），您仍可尝试与对方协商还款方案，或通过第三方调解（如人民调解委员会、行业协会调解）达成还款协议。

• 操作建议：协商时明确还款金额、期限及违约责任，并签订书面协议（可约定分期还款），后续可依据协议起诉（此时诉讼时效从协议签订日起重新计算）。
  
• 风险提示：若对方明确拒绝还款并主张时效抗辩，协商可能无果，需及时采取其他措施。

3. 行使抵销权或履行抗辩权，间接实现债权

若您对对方负有债务（如对方曾向您借款），可主张抵销（双方互负债务，标的物种类、品质相同的，任何一方可主张抵销）；或若对方起诉您其他债务，您可提出同时履行抗辩权（如“你未付我股票转让款，我拒绝支付你的借款”）。

• 操作建议：梳理双方债权债务关系，明确抵销或抗辩的法律依据，并在诉讼中主动提出。
  
• 法律依据：《民法典》第568条（抵销）、第525条（同时履行抗辩权）。

4. 追究违约责任（如约定违约金），突破诉讼时效限制

若股票转让合同中约定了违约金条款（如“逾期付款需支付每日万分之五的违约金”），即使本金债权因时效届满无法主张，违约金请求权可能仍受保护（部分法院认为违约金是独立请求权，不适用诉讼时效）。

• 操作建议：检查合同条款，若存在违约金约定，可单独起诉要求支付违约金（需结合具体合同内容及法院裁判观点）。
  
• 风险提示：此路径存在争议，部分法院可能认为违约金从属于主债权，仍受时效限制，需结合案件细节判断。

补充建议

• 尽快行动：诉讼时效问题具有强制性，若已接近或超过3年，需立即收集证据并采取措施，避免权利彻底丧失。
  
• 综合维权：可同时尝试多种方式（如协商+催款+准备诉讼），增加维权成功率。
  

如有进一步证据或合同细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您制定更精准的方案。