结论前置：股权已变更但未支付对价款的情况，确实存在诉讼时效的问题。具体诉讼时效的适用及起算点，需根据股权转让协议的约定及实际履行情况来确定。
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、股权转让中诉讼时效的适用
在股权转让的情境中，若股权已变更登记但受让方未支付对价款，出让方作为债权人，其请求受让方支付股权转让款的权利，同样受到诉讼时效的限制。具体来说：
诉讼时效的起算点：
- 若股权转让协议中明确约定了支付对价款的时间，则诉讼时效自该约定时间届满之日起算。
- 若协议未约定支付时间或约定不明确，则诉讼时效可能自股权变更登记完成之日起算，或者根据双方交易习惯、行业惯例等因素综合判断起算点。但通常，在股权变更登记完成后，出让方有权要求受让方支付对价款，若受让方未支付，则出让方应知道其权利受到损害，诉讼时效开始起算。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，若出让方向受让方提出履行请求、受让方同意履行义务、出让方提起诉讼或申请仲裁等情形，均可能导致诉讼时效的中断，中断后诉讼时效重新计算。
- 若因不可抗力或其他障碍导致出让方不能行使请求权，诉讼时效可能中止，待中止原因消除后，诉讼时效继续计算。
三、实际操作建议
- 及时主张权利：出让方在发现受让方未支付对价款后，应及时向受让方发出书面催告，要求其支付款项，并保留好相关证据，以证明自己已积极主张权利，避免诉讼时效过期。
- 关注诉讼时效起算点：出让方应密切关注股权转让协议的约定及实际履行情况，准确判断诉讼时效的起算点，以便在必要时及时采取法律措施。
- 考虑其他法律手段：若诉讼时效即将过期或已过期，出让方仍可考虑通过协商、调解等方式解决纠纷，或寻求其他法律途径（如申请支付令等）来维护自己的合法权益。
总结来说，股权已变更但未支付对价款的情况确实存在诉讼时效的问题。出让方应密切关注诉讼时效的起算点及中断、中止情形，及时主张权利，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。