造成机动车停运损失费的责任承担问题，主要由事故责任方来承担，但具体责任分配需依据交强险、商业三者险的保险条款以及侵权责任法的相关规定来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、保险公司赔偿情形

1. 交强险赔偿

   • 赔偿依据：根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，合理的停运损失可被视为财产损失的一部分。尽管交强险条款通常将间接损失列为除外责任，但部分法院在司法实践中认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围。
   • 赔偿范围：交强险有责任财产损失赔偿限额通常为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元。符合规定的停运损失在此限额内可获得赔偿。

2. 商业三者险赔偿

   • 一般情况：商业三者险合同条款常明确约定停运损失等间接损失为免赔范围。若保险公司已履行提示和明确说明义务，则不承担停运损失的赔偿责任。
   • 未履行提示说明义务：若保险公司未能证明其已就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则该免责条款无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。

二、侵权人赔偿情形

1. 保险公司免赔：当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，侵权人作为直接责任方，应对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
2. 超出保险限额：若停运损失超出交强险和商业三者险的赔偿限额，超出部分由侵权人承担。
3. 双方都有责任：若交通事故双方均有责任，则停运损失应按各自的责任比例分担。例如，如果事故责任被划分为三七开，那么停运损失也应按照三七的比例由双方分担。

三、特殊情形

1. 雇员侵权：根据《中华人民共和国民法典》规定，若侵权人在执行工作任务过程中发生交通事故导致营运车辆受损并产生停运损失，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担后，可向有故意或重大过失的工作人员追偿。
2. 挂靠经营：以挂靠形式从事道路运输经营的机动车发生交通事故造成损害且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任，共同赔偿营运车辆的停运损失。

四、停运损失的计算方法

停运损失的计算通常基于车辆的停运时间、日净收入等因素。具体计算方法可能因地区、行业习惯及司法实践的不同而有所差异。一般来说，可以参考以下公式进行计算：

\(停运损失 = 日净收入 \times 停运天数\)

其中，日净收入可以根据车辆的运营成本、预期收益等因素综合确定；停运天数则需根据实际维修时间、处理事故时间等合理确定。

五、建议与总结

在处理机动车停运损失费的责任承担问题时，建议首先明确事故责任方，并查看其是否购买了交强险和商业三者险。然后，根据保险条款和侵权责任法的相关规定，确定具体的赔偿责任主体和赔偿范围。如果涉及特殊情形，如雇员侵权或挂靠经营，则还需考虑用人单位或被挂靠人的连带责任。

若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。