营运车辆的运行车停运损失费，主要由事故责任方承担，但具体承担方式需结合保险合同约定及事故责任认定情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、保险公司赔偿情形
交强险赔偿：
- 赔偿依据：根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，合理的停运损失可被视为财产损失的一部分。尽管交强险条款通常将间接损失列为除外责任，但部分法院在司法实践中认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围。
- 赔偿范围：交强险有责任财产损失赔偿限额为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元。符合规定的停运损失在此限额内可获得赔偿。
商业三者险赔偿：
- 一般情况：商业三者险合同条款常明确约定停运损失等间接损失为免赔范围。若保险公司已履行提示和明确说明义务，则不承担停运损失的赔偿责任。
- 未履行提示说明义务：若保险公司未能证明其已就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则该免责条款无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。
二、侵权人赔偿情形
- 保险公司免赔：当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，侵权人作为直接责任方，应对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
- 超出保险限额：若停运损失超出交强险和商业三者险的赔偿限额，超出部分由侵权人承担。
- 双方都有责任：若交通事故双方均有责任，则停运损失应按各自的责任比例分担。例如，若一方承担70%的责任，则其需赔偿停运损失的70%。
三、特殊情形下的责任承担
- 雇员侵权：根据《中华人民共和国民法典》规定，若侵权人在执行工作任务过程中发生交通事故导致营运车辆受损并产生停运损失，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担后，可向有故意或重大过失的工作人员追偿。
- 挂靠经营：以挂靠形式从事道路运输经营的机动车发生交通事故造成损害且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任，共同赔偿营运车辆的停运损失。
四、赔偿金额的确定方法
考虑因素：
- 事故责任认定情况，确定侵权方的过错程度。
- 车辆实际停运时间，包括维修时间和必要的等待时间。
- 车辆正常运营时的收入情况，如营运收入证明、历史运营记录等。
- 相关证据的支持程度，确保赔偿金额的合理性。
评估流程：
- 收集并整理相关证据材料，包括事故认定书、维修记录、营运收入证明等。
- 由专业机构或法院指定的评估机构对停运损失进行评估。
- 根据评估结果确定具体的赔偿金额。
五、建议与注意事项
- 保留证据：在发生交通事故后，务必保留好相关证据，如事故认定书、维修记录、营运收入证明等，以便在索赔时提供有力支持。
- 及时索赔：停运损失费属于间接损失，其索赔时效可能受到一定限制。因此，在事故发生后，应及时向责任方或保险公司提出索赔要求。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂案件时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分维护。不过，作为李熙律师，我可以直接为你提供法律咨询和帮助，无需再额外寻找其他律师。
综上所述，营运车辆的运行车停运损失费赔偿责任主体主要是事故责任方，但在特定情况下保险公司也可能承担赔偿责任。赔偿金额的确定需综合考虑多种因素，并通过合法途径解决争议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。