法院在审理案件时，是明确知道非集体组织成员持有集体土地使用证在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。以下从不同角度为您详细分析：

一、通常情况下的不合法性

1. 基于集体土地的性质：集体土地是农村集体组织成员共同所有的土地，其所有权归属于特定的农村集体经济组织，具有身份属性。这种身份属性决定了集体土地使用权原则上只能由本集体成员享有，以保障本集体成员的生存和发展权益。因此，非集体组织成员通常不具备取得集体土地使用权的资格。

2. 相关法律的明确规定：根据《中华人民共和国土地管理法》等法律法规，农村集体土地的使用、流转受到严格限制。这些法律旨在保护集体土地的公有性质和本集体成员的权益，防止集体土地被非法侵占或滥用。非集体组织成员通常不符合这些法律规定的条件，难以合法取得集体土地使用权。

二、特定条件下的合法性

尽管非集体组织成员在一般情况下无权持有集体土地使用证，但在特定条件下，他们是有可能合法取得集体土地使用权的。这些特定条件包括但不限于：

1. 通过合法的流转方式：

   • 承包经营流转：在符合一定条件下，非集体组织成员可以通过流转方式取得集体土地的承包经营权。例如，经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准，承包经营土地用于规模农业或提高农业生产效率等。
   • 其他流转形式：非集体组织成员还可以通过租赁、入股等其他合法的流转方式取得集体土地的使用权。但同样需要经过相应的审批程序，并确保流转的合法性和有效性。

2. 因特殊政策或法律规定：

   • 国家政策扶持：在特定政策背景下，为推动特定产业发展或实现政策目标，政府可能允许非集体组织成员使用集体土地。例如，鼓励返乡创业的政策可能支持返乡人员使用集体土地开展项目，但需经过相关部门审批和村集体同意。
   • 法律特别规定：在某些特殊情况下，法律会作出特别规定，允许非集体组织成员取得集体土地使用权。例如，涉及农村集体土地用于公共事业建设，或土地利用总体规划、城乡规划确定为工业、商业等经营性用途的集体经营性建设用地，可通过出让、出租等方式交由单位或个人使用，但同样需经过相应的审批程序。

三、法院的审查职责

在审理涉及集体土地使用权的案件时，法院会严格审查相关证据和事实，包括土地使用证的取得是否合法、是否符合相关法律法规和政策规定等。如果法院发现非集体组织成员持有的集体土地使用证存在违法情形，如未经审批、违反流转规定等，法院将依法认定该土地使用证无效，并可能追究相关责任人的法律责任。

四、建议与提醒

1. 遵守法律法规：非集体组织成员在取得集体土地使用权时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保取得方式的合法性和有效性。
2. 咨询专业意见：在涉及集体土地使用权的交易或流转时，建议咨询专业律师或相关部门的意见，以避免因不了解法律而陷入纠纷。
3. 保留相关证据：在取得集体土地使用权的过程中，应保留好相关证据和文件，如审批文件、流转合同等，以备不时之需。

如果您在集体土地使用权方面遇到任何问题或纠纷，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。