针对您提出的“非农户口有集体土地使用证是否合法”的问题，这确实是一个涉及土地政策和法规的复杂问题。以下是我根据相关政策法规，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，非农业户口（即城镇户口）的人员在一般情况下是不具备直接取得农村集体土地使用权的资格的。这是因为农村集体土地使用权通常与农民集体经济组织成员的身份紧密相关，是农民的一种基本权益。
然而，也存在一些特殊情况，非农业户口的人员可能合法地拥有集体土地使用证。这些情况主要包括：
因易地扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等政府统一规划和批准：在这些情况下，非农业户口的人员可能按照政府的要求和批准，使用宅基地并建造房屋。在这种情况下，他们在退出原宅基地并注销登记后，可以依法确定新建房屋占用的宅基地使用权，并办理不动产登记。
因继承房屋占用宅基地：如果非农业户口的人员继承了农村房屋，那么他们可以按规定确权登记该房屋占用的宅基地。但需要注意的是，在不动产登记簿及证书附记栏会注记“该权利人为本农民集体经济组织原成员住宅的合法继承人”，以表明其非农民集体经济组织成员的身份。
历史遗留问题：在1999年《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》印发前，一些回原籍村庄、集镇落户的职工、退伍军人、离（退）休干部以及回乡定居的华侨、港澳台同胞等，原在农村合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用宅基地的，经公告无异议或异议不成立的，由该农民集体经济组织出具证明，可依法确权登记。但这一政策并不适用于该文件印发后城市居民违法占用宅基地建造房屋或购买农房的情况。
除了上述特殊情况外，非农业户口的人员通常不具备直接取得农村集体土地使用权的资格。如果非农业户口的人员非法取得了集体土地使用证，那么这一证件可能是不合法的，并可能面临被撤销或注销的风险。
因此，非农业户口的人员是否合法拥有集体土地使用证，需要具体分析其取得土地使用权的途径和背景。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议咨询当地的土地管理部门或法律专业人士，以获取更具体和准确的法律意见。
最后，我想强调的是，土地政策和法规是复杂且多变的，不同地区的具体实施情况也可能存在差异。因此，在处理涉及土地使用权的问题时，务必谨慎并寻求专业意见。