核心结论：若破产清算后债权人申报的工程未结束且管理人不认可，债权人可通过收集证据证明工程真实性与债权合法性、与管理人沟通协商、申请法院裁定或提起诉讼等途径维护自身权益。以下为详细分析：

一、收集证据，证明工程真实性与债权合法性

1. 合同文件：债权人应首先收集与债务人签订的工程合同、补充协议等文件，这些文件是证明工程存在及双方权利义务关系的基础。
2. 履约证据：包括但不限于工程进度报告、验收记录、付款凭证、发票、往来函件等，这些证据能够证明债权人已按照合同约定履行了部分或全部义务。
3. 第三方证据：如监理报告、第三方检测报告、政府相关部门的审批文件等，这些证据能够从第三方角度证明工程的真实性和债权人的履约情况。

二、与管理人沟通协商

1. 书面沟通：债权人应向管理人提交书面申报材料，详细说明工程情况、债权金额及计算依据，并附上相关证据材料。
2. 协商会议：债权人可以要求与管理人召开协商会议，就工程未结束的原因、债权申报的合理性等问题进行面对面沟通，寻求共识。

三、申请法院裁定或提起诉讼

1. 申请法院裁定：若管理人仍不认可债权申报，债权人可以在破产程序中向法院申请裁定确认债权。根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，债权人对债权表记载的债权有异议的，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼（此处虽提及诉讼，但在此阶段更侧重于申请法院对债权进行裁定确认，若裁定不认可再考虑诉讼）。法院将依法审查债权人的申报材料及证据，并作出裁定。
2. 提起诉讼：若法院裁定不认可债权，或管理人未在规定期限内对债权申报提出异议，债权人可以在破产程序终结后，就未受清偿的部分向债务人提起诉讼，要求债务人承担继续履行、赔偿损失等民事责任。但需注意，在破产程序终结后提起诉讼可能面临债务人已无财产可供执行的风险。

四、特殊情况处理

1. 工程未完工的原因：若工程未完工是由于债务人原因导致的，如债务人破产、停业等，债权人可以主张因债务人违约而产生的损失赔偿。
2. 债权转让与继承：若债权人在破产程序前已将债权转让给第三方，或债权人死亡后其债权由继承人继承，债权人应提供相关证据证明债权转让或继承的事实，以便管理人确认新的债权人身份。