当工程清算结果出现单方不认可的情况时，应首先仔细研究清算依据和程序，确保清算的合法性和公正性；其次，可邀请中立第三方介入调解或仲裁；最后，如协商调解无果，可通过诉讼等法律途径解决争议。具体处理步骤如下：

一. 仔细研究清算依据和程序

应详细审查工程清算的各项依据，包括合同条款、工程量清单、结算标准等，确保清算的合法性和公正性。若单方的异议有合理依据，应与其进行充分沟通，了解其不认可的具体原因和诉求，尝试通过协商达成一致。

• 例如，甲方对某部分工程量或单价不认可，应核对相关合同和清单，看是否存在误解或计算错误。

二. 邀请中立第三方介入

若双方无法就清算结果达成一致，可邀请中立的第三方，如专业的仲裁机构、工程造价咨询机构或调解机构，介入调解或仲裁。这些机构能以客观、公正的方式解决争议。在这个过程中，各方应提供充分的证据和资料，如合同、图纸、施工记录、结算报告等，以支持自己的观点。

• 例如，双方对某项变更工程的费用有争议，可邀请工程造价咨询机构进行专业评估，以确定合理的费用。

三. 通过法律途径解决争议

如果协商和调解均无法解决问题，可根据合同约定或相关法律规定，通过诉讼等法律途径解决争议。在诉讼过程中，法院将依法对清算结果进行审查，并作出最终裁决。

• 例如，若甲方坚持认为清算结果不公正，可依法向法院提起诉讼，要求法院对清算结果进行重新审查并作出裁决。

我建议在处理此类争议时，各方应保持冷静和理性，尊重事实和法律，通过合法途径解决争议。同时，也要注意保留相关证据和资料，以便在需要时提供证明。如有进一步需要，您可以继续咨询我。