结论：在农村院子里建猪圈是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及土地用途、规划许可、环保要求及相邻关系等多个方面。以下从不同角度详细分析：

1. 土地用途与规划许可

• 宅基地用途限制：根据《土地管理法》及相关规定，宅基地主要用于建造住宅及其附属设施。若猪圈属于住宅附属设施（如家庭养殖自用），且未改变宅基地用途，通常不违法。但若用于商业养殖或大规模生产，可能超出宅基地用途范围，需办理农用地转用手续或取得相关许可。
• 规划许可要求：即使猪圈属于附属设施，若当地规划明确禁止在宅基地上建设养殖设施（如因环保、卫生或景观要求），则需取得规划部门许可。未经许可擅自建设，可能面临拆除或罚款风险。

2. 环保与卫生要求

• 环保法规：根据《环境保护法》及《畜禽规模养殖污染防治条例》，养殖活动需符合环保标准，防止污染环境。若猪圈未采取有效污染防治措施（如粪便处理、废水排放等），可能被认定为违法，需整改或关闭。
• 卫生防疫：若猪圈建设不符合卫生防疫要求（如与住宅距离过近、通风不良等），可能影响居民健康，相关部门有权要求整改或拆除。

3. 相邻关系与村民自治

• 相邻权保护：根据《民法典》相邻关系条款，建设猪圈不得损害相邻方合法权益（如噪音、气味、水源污染等）。若因猪圈导致邻里纠纷，可能被要求停止侵害或赔偿损失。
• 村民自治规则：部分村庄通过村规民约限制宅基地上建设养殖设施。若违反村规民约，虽不直接违法，但可能面临村民集体反对或村委会干预。

4. 特殊情形处理

• 历史遗留问题：若猪圈建于法规完善前且长期存在，可能被认定为“合法存在”。但若后续因规划调整或环保要求需整改，仍需配合。
• 临时建设许可：若猪圈为临时设施（如短期养殖），需取得临时建设许可，并在期限内拆除。逾期未拆可能被认定为违法建筑。

法律建议

1. 提前咨询：建设前向当地自然资源部门（规划、土地）咨询宅基地用途及规划要求，向生态环境部门了解环保标准。
2. 办理手续：若需商业养殖或大规模建设，依法申请农用地转用、规划许可及环保审批。
3. 合规建设：确保猪圈符合卫生、防疫及环保要求，与住宅保持合理距离，采取污染防治措施。
4. 协商解决：若邻里反对，优先通过协商或村委会调解解决，避免矛盾升级。

示例：

• 张某在宅基地上建小型猪圈自用，未改变土地用途且符合环保要求，邻里无异议，通常合法。
  
• 李某在宅基地上建大型猪圈用于商业养殖，未办理规划许可且污染环境，可能被认定为违法并面临处罚。

如有具体情形需进一步分析，可直接向我咨询。