针对擅自改变耕地用途的问题，通常由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律依据与部门职责：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，耕地属于农用地，其用途受到严格保护，不得擅自改变。若需改变用途，必须依法办理农用地转用审批手续。
   • 自然资源主管部门作为土地管理的核心部门，负责监督土地的使用情况，对擅自改变耕地用途的行为进行查处。

2. 处理流程与措施：

   • 发现与调查：自然资源主管部门通过日常巡查、群众举报或卫星遥感监测等方式发现擅自改变耕地用途的行为后，会立即展开调查，收集相关证据。
   • 责令改正：对于初步查实的违法行为，自然资源主管部门会向违法者发出责令改正通知书，要求其立即停止违法行为，并恢复耕地原状。
   • 行政处罚：若违法者拒不改正或改正不到位，自然资源主管部门将依法对其进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
   • 强制执行：在违法者拒不履行行政处罚决定的情况下，自然资源主管部门可以申请人民法院强制执行，确保耕地得到恢复。

3. 其他相关部门的协作：

   • 在处理擅自改变耕地用途的问题时，自然资源主管部门可能会与农业农村部门、林业部门等相关部门进行协作，共同对违法行为进行查处和纠正。
   • 例如，若擅自改变耕地用途涉及林业用地，自然资源主管部门可能会与林业部门联合行动，确保土地得到合理利用和保护。

4. 法律后果与责任：

   • 擅自改变耕地用途不仅可能面临行政处罚，还可能对违法者的信用记录产生不良影响，影响其未来的土地使用和经营活动。
   • 在严重情况下，若擅自改变耕地用途导致土地资源严重破坏或环境污染等后果，违法者还可能承担刑事责任。

建议：

• 若您发现有人擅自改变耕地用途，应及时向当地自然资源主管部门举报，以便相关部门及时介入处理。
• 若您自己涉及土地用途变更，务必依法办理相关审批手续，确保土地使用的合法性和合规性。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。