结论：在交通事故中，若当事人已协商并垫付赔付，保险公司是否可以将钱赔付给车主，需分情况讨论，具体如下：

1. 若车主已先行垫付赔偿且保留了相关证据：

   • 在这种情况下，车主有权向保险公司申请理赔。保险公司会根据保险合同的约定以及车主提供的证据（如事故认定书、医疗费用发票、赔偿协议等）进行审核。
   • 如果审核通过，保险公司通常会将赔款支付给车主，以补偿其先行垫付的损失。但需注意，赔款金额不得超过保险合同约定的赔偿限额，且需符合保险条款的规定。

2. 若车主未保留垫付赔偿的相关证据或证据不足：

   • 如果车主无法提供充分的证据证明其已先行垫付赔偿，保险公司可能会拒绝赔付或要求车主补充证据。
   • 在这种情况下，车主可能需要通过法律途径（如诉讼）来证明其垫付事实，并要求保险公司履行赔付义务。

3. 若保险合同中有特别约定：

   • 有些保险合同中可能包含关于赔款支付对象的特别约定，如指定赔款应支付给受害者而非车主。
   • 在这种情况下，即使车主已先行垫付赔偿，保险公司也可能根据合同约定将赔款支付给受害者。车主需仔细阅读保险合同条款，了解其中的特别约定。

建议：

• 车主在先行垫付赔偿时，应务必保留好相关证据，如事故认定书、医疗费用发票、赔偿协议等，以便后续向保险公司申请理赔。
• 在申请理赔前，车主应仔细阅读保险合同条款，了解其中的赔偿范围、赔偿限额以及赔款支付对象等特别约定。
• 如果车主对保险公司的理赔决定有异议，可以通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。

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