针对“员工代公司收农民工的钱怎么做证明”这一问题，以下是我的专业解答：
核心结论：为了证明员工代公司收取农民工的钱款，需要准备一系列合法、有效的证据材料，并确保这些材料能够形成完整的证据链。
书面协议或授权委托书：首先，公司应出具一份书面协议或授权委托书，明确授权该员工代表公司收取农民工的钱款。这份文件应详细载明授权范围、金额、收款方式、收款时间等关键信息，并由公司法定代表人签字盖章，以确保其法律效力。
收款收据或发票：在员工收取钱款后，应向农民工出具正规的收款收据或发票，作为收款凭证。收据或发票上应注明收款人（即员工）的姓名、收款金额、收款日期、收款事由等，并加盖公司公章或财务专用章，以证明其真实性。
银行转账记录：如果钱款是通过银行转账方式收取的，那么银行转账记录也是重要的证明材料。员工应保存好银行转账的凭证，包括转账回单、账户交易明细等，以证明钱款已实际到账。
农民工身份证明：为了证明收款对象是农民工，还应要求农民工提供身份证明文件，如身份证、户口本等。在收款时，员工应核对农民工的身份信息，并在收款凭证上注明农民工的姓名和身份证号码。
其他辅助证据：除了上述主要证据外，还可以收集一些辅助证据来增强证明力，如公司内部的财务记录、员工与农民工之间的通话记录、短信或电子邮件往来等。
综上所述，为了证明员工代公司收取农民工的钱款，需要准备书面协议或授权委托书、收款收据或发票、银行转账记录、农民工身份证明以及其他辅助证据。这些证据应相互印证，形成完整的证据链，以确保证明的有效性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。