公司罚款与规章制度不一致，可能构成违法，具体需分情况讨论：

1. 罚款权限的合法性基础
   根据《劳动合同法》第九条及《行政处罚法》相关规定，用人单位无权自行设立罚款制度。罚款属于行政处罚范畴，仅能由法律授权的行政机关（如市场监管部门、公安机关）行使。若公司规章制度中明确规定“迟到罚款”“业绩不达标罚款”等内容，即使与内部奖惩制度表述一致，也因缺乏法律依据而无效。

2. 规章制度与罚款不一致的违法情形

   • 情形一：规章制度允许罚款，但实施时超出范围
     若公司通过民主程序制定了《员工奖惩条例》，其中规定“旷工一天扣当日工资”，但实际执行时改为“旷工一天扣三日工资”，此时超出制度范围的罚款行为违法。根据《劳动合同法》第三十八条，劳动者可主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。
     
   • 情形二：规章制度未规定罚款，但实际扣款
     若公司制度中仅写明“严重违纪可解除合同”，但未提及罚款，却以“损坏公司财物”为由扣发员工工资，此时扣款行为缺乏制度依据，属于克扣工资。劳动者可依据《工资支付暂行规定》第十五条，要求公司补发工资并支付赔偿金。
     
   • 情形三：罚款与制度程序冲突
     即使制度中规定了罚款条款，若公司未履行《劳动合同法》第四条要求的民主程序（如未经职工代表大会讨论、未公示告知），该条款仍属无效。此时实际罚款行为自然违法。

3. 合法替代方案：用人单位如何合规管理

   • 经济性处罚的替代：公司可通过绩效扣分、奖金浮动、岗位调整等方式实现管理目的，但需确保与规章制度一致且不违反最低工资标准。
     
   • 损失赔偿的合法主张：若员工因故意或重大过失造成公司损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，在员工工资中按月扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 制度修订的合规流程：若需设立罚款类条款，必须通过职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定，并公示告知全体员工，否则条款无效。

建议行动：若您遇到公司罚款与制度不符的情况，可先核对制度文本与实际执行差异，保留工资条、扣款通知等证据，通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁维护权益。如有具体案例细节，可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。