违反《政府投资条例》第二十一条的处罚需结合具体违法情形，依据《条例》第三十四条至第三十六条及《财政违法行为处罚处分条例》等规定处理。以下从不同违法情形展开分析：

1. 若违反“政府投资项目不得由施工单位垫资建设”规定

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十四条，项目单位若要求施工单位垫资建设，由发展改革部门或行业主管部门责令改正，根据具体情况暂停、停止拨付资金或收回已拨付资金，暂停或停止项目建设活动，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
• 延伸后果：若因垫资导致拖欠农民工工资，还可能触发《保障农民工工资支付条例》的处罚，如责令限期清偿、向社会公布违法行为、列入拖欠农民工工资“黑名单”等。

2. 若违反“政府投资项目应按国家规定办理审批手续”规定

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十四条，项目单位若未按规定办理审批手续擅自开工建设，由发展改革部门或行业主管部门责令停止建设或限期整改，给予警告，并处项目总投资额0.1%以上0.5%以下的罚款；对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
• 特殊情形：若项目已投入使用且造成严重后果，可能涉及《刑法》中的“滥用职权罪”或“玩忽职守罪”，需承担刑事责任。

3. 若违反“政府投资项目应落实资金来源”规定

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十四条，项目单位若未落实资金来源即开工建设，由发展改革部门或行业主管部门责令改正，根据具体情况暂停、停止拨付资金或收回已拨付资金，暂停或停止项目建设活动，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
• 连带责任：若因资金未落实导致工程烂尾或债务纠纷，项目单位可能需承担民事赔偿责任，相关责任人还可能被追究行政或刑事责任。

4. 若违反“政府投资项目不得擅自增加建设内容、扩大建设规模、提高建设标准或改变设计方案”规定

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十四条，项目单位若存在上述行为，由发展改革部门或行业主管部门责令改正，根据具体情况暂停、停止拨付资金或收回已拨付资金，暂停或停止项目建设活动，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
• 审计追责：若违规行为导致超概算，审计部门可依据《审计法》要求项目单位整改，并通报批评；情节严重的，可能暂停项目执行或资金拨付。

5. 若违反“政府投资项目应按批准的建设地点、建设规模和建设内容实施”规定

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十五条，项目单位若擅自变更建设地点、规模或内容，由发展改革部门或行业主管部门责令改正，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分；造成损失的，依法承担赔偿责任。
• 重大调整程序：若需重大变更，应按原程序重新报批；未报批即变更的，可能被认定为违规操作，面临更严厉处罚。

6. 若项目单位存在其他违法行为（如骗取政府投资资金、未按规定开展绩效评价等）

• 处罚依据：根据《政府投资条例》第三十六条，项目单位若存在上述行为，由发展改革部门或行业主管部门责令改正，根据具体情况暂停、停止拨付资金或收回已拨付资金，暂停或停止项目建设活动，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 信用惩戒：违规行为还可能被纳入信用记录，影响项目单位后续参与政府投资项目的资格。

总结建议：政府投资项目涉及公共利益，合规性要求极高。若您或您的单位涉及政府投资项目，建议严格遵守《政府投资条例》及相关规定，确保项目审批、资金落实、建设实施等环节合法合规。如有具体疑问或需进一步分析，可直接向我咨询。