水利局作为行政机关，其民事责任的承担需分情况讨论，不能一概而论由政府承担。具体分析如下：
水利局作为独立法人时的民事责任
若水利局是依法设立的独立法人（如具有独立财产和经费、能独立承担民事责任的事业单位），其因民事行为（如合同纠纷、侵权行为）产生的责任，应由水利局自身承担。例如，水利局与施工单位签订建设合同后违约，需以自有财产赔偿对方损失，此时政府不直接承担责任。
水利局作为政府职能部门时的责任归属
若水利局是政府组成部门（如地方水行政主管部门），其行政行为引发的争议通常通过行政诉讼解决，不涉及民事责任。但若水利局以政府名义实施民事活动（如代表政府签订采购合同），且合同相对方明知或应知其代理身份，则责任由政府承担；若水利局超越权限或未披露代理关系，可能需与政府共同承担责任。
政府承担责任的特殊情形
根据《民法典》第104条，若水利局因执行政府任务（如防汛抗洪）造成他人损害，且符合“为了维护公共利益”且“行为具有合法性”的要件，可能适用公平责任原则，由政府给予适当补偿。此外，若水利局无独立财产或经费不足，政府可能需承担补充责任。
建议：若涉及具体案件，需结合水利局的法人资格、行为性质、合同条款及损害后果等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情形为您详细分析。