相同主体案由相同的两个合同，在符合一定条件和程序下，是可以在同一案件中合并起诉的。这一做法有助于提高诉讼效率，避免矛盾判决，但同时也需要注意案件复杂性和证据关联性的挑战。下面我将从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与基础
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当诉讼标的是共同的或同一种类，且人民法院认为可以合并审理并经当事人同意时，可以构成共同诉讼。这为多个合同合并起诉提供了法律基础。
二、合并起诉的条件
诉讼标的相同或同类：
- 所有涉及的合同必须围绕相同的法律关系（如都是买卖合同、租赁合同等）产生争议。例如，如果两个合同都是关于同一批货物的买卖，且都存在付款纠纷，那么这两个合同就满足诉讼标的相同或同类的条件。
法院管辖权：
- 所有合同纠纷均属于法院受理范围，且该法院对每起纠纷均有管辖权。这意味着，您需要确保选择的法院对所有涉及的合同纠纷都有审理的权力。
适用同一诉讼程序：
- 各合同纠纷应能适用相同的诉讼程序进行审理。这通常意味着，这些合同纠纷在法律性质上相似，可以适用相同的法律规则和程序。
提高诉讼效率：
- 合并审理需符合提高诉讼效率、节约司法资源的目的。法院会考虑合并审理是否能减少重复起诉的成本，加快审理进度。
当事人同意：
- 必须得到所有当事人的明确同意。这是尊重当事人诉讼权利的重要体现，也是合并审理的前提条件。
法院审查：
- 法院需对合并审理的适当性进行审查，包括合同的关联性和是否有利于公正高效解决纠纷。法院会综合考虑各种因素，决定是否同意合并审理。
三、合并起诉的好处与风险
好处：
- 提高效率：减少重复起诉的成本，加快审理进度，使当事人能够更快地获得判决结果。
- 避免矛盾：同一审判团队审理，确保判决的一致性，避免不同法院或不同审判团队对相似案件作出不同判决。
- 全面解决：更全面地处理基于同一法律关系的纠纷，确保当事人的权益得到充分保护。
风险：
- 复杂性增加：多个合同可能使案件事实和法律关系复杂化，增加审理的难度和时间。
- 证据要求高：需清晰梳理合同间的关联，确保证据充分支持诉讼请求。如果证据不足或关联性不强，可能会影响案件的审理结果。
四、实际操作建议
明确合同关联性：
- 在起诉前，需仔细分析各合同之间的内在联系，确保它们满足合并起诉的条件。
细致证据准备：
- 统一收集和整理证据，确保完整性和针对性。制作详细的证据清单，并确保证据与诉讼请求紧密关联。
法院沟通：
- 提前与法院沟通，了解其对合并审理的态度和要求。这有助于您更好地准备起诉材料，提高合并审理的成功率。
风险评估：
- 综合考虑案件复杂性、证据充分性及法院态度等因素，做出合理决策。如果合并审理的风险较大，您可以考虑分别起诉或寻求其他解决方式。
五、案例参考
虽然无法直接引用具体案例，但类似最高人民法院（2019）最高法民辖终425号案等成功实践表明，多份合同合并审理在司法实践中是可行的。这些案例通常涉及相似的法律关系和争议点，且通过合并审理实现了诉讼效率的提高和判决的一致性。
综上所述，相同主体案由相同的两个合同在符合一定条件和程序下是可以合并起诉的。但您在决定合并起诉前，应充分考虑案件的具体情况、证据充分性以及法院的态度等因素。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。