若以物抵债协议已交付但损害第三人权益，第三人可通过以下途径维护自身合法权益，具体处理方式需结合第三人权益受损类型及协议效力综合判断：

1. 第三人主张撤销权（协议存在恶意串通或显失公平情形）
   根据《民法典》第154条、第538-539条，若债务人与债权人签订以物抵债协议时存在恶意串通损害第三人利益（如虚构债务、低价转移财产），或债务人以明显不合理低价转让财产导致第三人债权无法实现，第三人可向法院申请撤销该协议。

   • 操作要点：第三人需提供证据证明债务人与债权人存在主观恶意（如资金往来异常、协议条款显失公平），且撤销权行使需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内提出。
     
   • 法律后果：协议被撤销后自始无效，财产应恢复至原状态，第三人可就原财产主张权利。

2. 第三人主张物权优先性（协议涉及无权处分或物权冲突）
   若以物抵债的标的物存在权属争议（如债务人无权处分第三人财产），或第三人已通过合法方式取得物权（如已办理抵押登记、预告登记），第三人可依据《民法典》第235条、第462条主张返还原物或排除妨害。

   • 操作要点：第三人需证明自身对标的物享有合法物权（如产权证、登记证明），且债务人处分行为未经其同意或超出权利范围。
     
   • 法律后果：协议可能因无权处分而效力待定，若原权利人拒绝追认，协议无效，第三人可要求返还财产。

3. 第三人主张债权人代位权或撤销权（协议影响债权实现）
   若第三人为债务人的其他债权人，且债务人通过以物抵债协议恶意减少责任财产（如将唯一资产抵债给特定债权人），第三人可依据《民法典》第535-536条行使代位权（直接要求次债务人履行债务）或撤销权（撤销债务人不当处分行为）。

   • 操作要点：第三人需证明债务人怠于行使到期债权或存在无偿/低价转让财产行为，且该行为导致其债权无法实现。
     
   • 法律后果：协议可能被部分撤销或调整，第三人债权优先于债务人与债权人的以物抵债协议受偿。

4. 第三人主张侵权责任（协议直接侵害第三人权益）
   若以物抵债协议内容直接侵犯第三人合法权益（如协议约定债务人将属于第三人的财产抵债），第三人可依据《民法典》第1165条主张侵权损害赔偿。

   • 操作要点：第三人需证明债务人与债权人存在过错（如明知财产归属第三人仍签订协议），且自身因协议遭受实际损失。
     
   • 法律后果：债务人与债权人需承担连带赔偿责任，第三人可要求赔偿财产损失或恢复原状。

实务建议：

• 第三人应优先通过公证、律师调查令等方式固定证据（如协议文本、财产权属证明、资金往来记录）；
  
• 若涉及执行程序，第三人可依据《民事诉讼法》第234条提出执行异议之诉，要求停止对标的物的执行；
  
• 协议效力认定需结合具体案情，建议第三人委托律师分析协议条款、交易背景及各方主观状态，制定针对性维权策略。
  

如有进一步疑问或需具体案件分析，可直接向我咨询。