运输公司在三证不齐的情况下进行运输活动，确实是违法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律背景

在交通运输领域，运输公司必须持有相关的运营证件才能合法从事运输活动。这些证件通常包括道路运输经营许可证、车辆行驶证以及驾驶员的从业资格证等，它们共同构成了运输公司合法运营的基础。如果运输公司缺少这些必要的证件，就意味着其不具备合法运营的资格，因此其运输活动也就构成了违法。

二、法律后果

1. 行政处罚：根据相关法律法规，运输公司在三证不齐的情况下进行运输活动，可能会面临交通管理部门的行政处罚。这些处罚可能包括罚款、扣留车辆、吊销运营许可证等，具体处罚措施会根据违法情节的严重程度而定。

2. 民事责任：如果运输公司在违法运输过程中造成了他人财产损失或人身伤害，那么运输公司还需要承担相应的民事责任。这包括赔偿受害者的经济损失、支付医疗费用等。

3. 刑事责任：在极端情况下，如果运输公司的违法运输行为构成了犯罪，如非法经营罪、危险驾驶罪等，那么运输公司及其相关责任人员还可能面临刑事追究。

三、具体分析

1. 道路运输经营许可证：这是运输公司合法运营的基本证件。如果运输公司没有取得该证件，就擅自从事运输活动，那么其行为就构成了非法经营。

2. 车辆行驶证：这是车辆合法上路行驶的凭证。如果运输公司使用的车辆没有行驶证，或者行驶证过期未审验，那么该车辆就不具备上路行驶的资格，运输公司的运输活动也就构成了违法。

3. 驾驶员从业资格证：这是驾驶员从事运输活动的必备证件。如果运输公司使用的驾驶员没有取得从业资格证，或者从业资格证过期未审验，那么该驾驶员就不具备从事运输活动的资格，运输公司的运输活动同样构成了违法。

四、建议与措施

1. 合规运营：运输公司应该严格遵守相关法律法规，确保所有运营证件齐全有效。在从事运输活动前，应该仔细检查车辆和驾驶员的证件情况，确保符合法律要求。

2. 加强管理：运输公司应该加强对车辆和驾驶员的管理，定期审验证件、更新信息，确保所有运营活动都在合法合规的框架内进行。

3. 及时咨询：如果运输公司在运营过程中遇到任何法律问题或疑虑，应该及时向我咨询，以便得到专业的法律建议和指导。

综上所述，运输公司在三证不齐的情况下进行运输活动是违法的，可能会面临行政处罚、民事责任甚至刑事责任。因此，运输公司应该严格遵守相关法律法规，确保合法合规运营。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。