针对您描述的情况，即合作伙伴擅自拿走工厂大量银料导致工厂经营困难，这很可能涉及侵占或盗窃等违法行为，同时也可能构成违约行为，具体处理方式如下：
收集证据：
- 物证：保留好工厂银料的库存记录、出入库单据、监控录像等，这些能直接证明银料被拿走的事实。
- 人证：如果有目击者或知情员工，他们的证言也是重要证据。
- 书证：与合作伙伴的合同、协议、往来邮件、短信等，这些能证明双方之间的合作关系及对方的违约行为。
评估损失：
- 详细计算被拿走的银料价值，包括市场价格、成本价格等，以便后续索赔。
- 评估因银料缺失导致的工厂停工、订单违约等间接损失，这些也应纳入索赔范围。
法律途径选择：
- 刑事报案：如果合作伙伴的行为涉嫌盗窃或侵占，且数额较大，可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。侵占罪则是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为，同样会受到法律的制裁。
- 民事诉讼：如果合作伙伴的行为构成违约，可以向法院提起民事诉讼，要求其赔偿损失。在诉讼过程中，需要提交上述收集的证据，以证明对方的违约行为和自己的损失。法院会根据事实和法律规定，判决对方承担相应的赔偿责任。
协商与调解：
- 在采取法律途径之前，也可以尝试与合作伙伴进行协商，看是否能达成和解，如对方愿意归还银料或赔偿损失，可以避免法律纠纷。
- 如果协商无果，可以考虑通过第三方调解机构进行调解，这通常比诉讼更为快捷和经济。
后续预防措施：
- 加强工厂的安全管理，如安装更先进的监控设备、加强门禁管理等，防止类似事件再次发生。
- 完善与合作方的合同条款，明确双方的权利和义务，特别是关于财物保管和违约责任的部分，以便在发生纠纷时有据可依。
在处理此类事件时，务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。