根据中国现行法律法规，外国人短期行医许可原则上只能在一个医疗机构注册，特殊情况需经审批机关特别批准。 以下是具体分析：

1. 一般规定
   根据《外国医师来华短期行医暂行管理办法》（1992年卫生部令第24号）第八条，外国医师申请来华短期行医，必须与中国的医疗机构签订协议书，且只能在一个医疗机构行医。这意味着，未经特别批准，外国人不得同时在多个医疗机构注册行医。

2. 特殊情况
   若因医疗合作、学术交流等特殊需求，需在多个医疗机构行医的，需满足以下条件：

   • 逐个申请：需分别向每个拟执业的医疗机构所在地卫生行政部门提出申请，并提交相关材料（如合作协议、行程安排等）；
     
   • 审批机关批准：由省级卫生行政部门或国家卫生健康委（根据行医期限和范围）审核后，可能批准在多个医疗机构行医，但需明确行医期限和范围；
     
   • 备案管理：部分地区可能要求医疗机构将外国医师的行医安排向卫生行政部门备案，确保监管到位。

3. 法律后果
   若未经批准在多个医疗机构行医，可能面临以下风险：

   • 行政处罚：卫生行政部门可依据《行政许可法》《医疗机构管理条例》等规定，责令停止违法行为，没收违法所得，并处以罚款；
     
   • 执业限制：情节严重的，可能被取消短期行医许可，甚至影响未来在华行医资格；
     
   • 民事责任：若因违规行医导致医疗事故，需承担相应的民事赔偿责任。

建议：若您或您代表的机构有此类需求，建议提前与拟执业的医疗机构及当地卫生行政部门沟通，明确审批流程和所需材料，确保合规操作。如有进一步疑问，可直接向我咨询。