关于公司车间装修发票的抵扣及合法性问题，这确实是一个涉及多个税法知识点的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、增值税方面

1. 可抵扣情况：

   • 如果您的公司是增值税一般纳税人，且车间装修服务是用于增值税应税项目的；
   • 同时，您取得了合法有效的增值税专用发票；
   • 并且，装修的不动产属于2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产，或2016年5月1日后取得的不动产在建工程；
   • 那么，根据税法规定，其进项税额可以按规定分2年从销项税额中抵扣，第一年抵扣60%，第二年抵扣40%。

2. 不可抵扣情况：

   • 如果装修服务是用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等；
   • 或者，您未取得合法有效的增值税扣税凭证（如仅取得增值税普通发票）；
   • 那么，其进项税额则不得从销项税额中抵扣。

二、企业所得税方面

1. 资本化支出：

   • 如果车间装修支出符合固定资产改良支出的条件（如修理支出达到固定资产原值20%以上，或延长经济使用寿命二年以上，或被用于新的或不同的用途），则应作为资本化支出计入固定资产成本，并按规定计提折旧，在企业所得税前分期扣除。

2. 费用化支出：

   • 如果装修支出不符合资本化条件，如小规模局部装修且支出金额较小，则可作为当期费用在企业所得税前一次性扣除。

3. 与生产经营活动相关性：

   • 无论哪种情况，装修费用都需与企业的生产经营活动直接相关，方可在税前扣除。若为非经营性目的（如个人居住或娱乐）产生的装修费用，则不能在税前扣除。

三、合法性及建议

1. 合法性：

   • 只要您的公司车间装修发票符合上述增值税和企业所得税的抵扣条件，且发票本身合法有效，那么抵扣就是合法的。

2. 建议：

   • 在进行车间装修时，应尽可能取得合法有效的增值税专用发票，以便在增值税和企业所得税方面进行抵扣。
   • 明确装修费用的性质和用途，确保其与生产经营活动直接相关，并符合税法规定的抵扣条件。
   • 对于不符合抵扣条件的装修费用，应按规定进行税务处理，避免产生税务风险。
   • 建议在实际操作中咨询专业的税务顾问或会计师，以确保准确理解和遵守相关税法规定，并合理利用税收优惠政策。

综上所述，公司车间装修发票的抵扣及合法性问题需要根据具体情形综合判断。希望以上解答能对您有所帮助，如有任何疑问或需要进一步的咨询，请随时告知。