您好，关于您提出的“红豆杉种一棵是否违法以及如何处理”的问题，我将为您详细解答。
首先，红豆杉是国家重点保护的野生植物，根据《中华人民共和国刑法》以及《中华人民共和国野生植物保护条例》的相关规定，禁止采集、出售、收购国家一级、二级保护野生植物。这意味着，无论您种植的是一棵还是多棵红豆杉，如果没有获得相关的合法采集或种植许可，都是违法的行为。
从您提供的参考信息中，我们可以看到，有案例显示，有人因为擅自移栽红豆杉而被判刑。例如，陈某因为擅自移栽了29株红豆杉树苗，被法院判决构成危害国家重点保护植物罪，并受到了相应的刑事处罚。这充分说明了，对于国家重点保护的野生植物，我们不能随意进行采集、移栽或破坏。
那么，如果您已经种植了红豆杉，应该如何处理呢？
立即停止违法行为：如果您发现自己种植的红豆杉没有合法的采集或种植许可，应立即停止相关行为，避免进一步违法。
主动报告相关部门：您可以主动向当地的林业部门或野生植物保护机构报告您的情况，说明您种植红豆杉的缘由和现状，并咨询如何合法处理这些植物。
配合调查与处理：在相关部门进行调查时，您应积极配合，提供必要的证据和信息。根据调查结果，相关部门可能会要求您将红豆杉移植到指定的地点，或者采取其他合法的处理方式。
了解并遵守相关法律法规：为了避免未来再次发生类似的情况，您应深入了解并严格遵守关于野生植物保护的法律法规，确保自己的行为合法合规。
总之，红豆杉作为国家重点保护的野生植物，我们不能随意进行采集、移栽或破坏。如果您已经种植了红豆杉且没有合法的许可，应立即停止违法行为，并主动向相关部门报告并配合处理。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。