结论：公司因员工迟到和旷工进行罚款是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司罚款的合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司对员工进行罚款需有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向员工公示或告知。
- 罚款的数额和方式也需合理，不能违反法律法规的强制性规定，如不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
规章制度内容：
- 公司规章制度中应明确规定迟到和旷工的具体情形、罚款的数额或计算方式、以及罚款的适用条件等。
- 若规章制度中未明确规定或规定不明确，公司对员工进行罚款可能缺乏合法依据。
二、迟到和旷工罚款的合法性分析
迟到罚款：
- 若公司规章制度中明确规定了迟到的罚款标准，且该标准合理、合法，同时公司已向员工公示或告知该规章制度，则公司对迟到员工进行罚款可能是合法的。
- 但若罚款标准过高或不合理，如一次迟到罚款数百元，可能违反法律法规的强制性规定，此时罚款行为可能违法。
旷工罚款：
- 旷工通常被视为严重违反公司规章制度的行为，公司有权根据规章制度对旷工员工进行处罚，包括罚款。
- 然而，罚款的数额和方式仍需合理、合法，不能违反相关法律法规的规定。例如，不能因旷工一天就扣除员工整月的工资或奖金。
三、违法罚款的法律后果
员工权益保护：
- 若公司违法对员工进行罚款，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还违法扣除的款项。
- 员工还有权要求公司支付因违法罚款而造成的其他损失，如误工费、交通费等。
公司法律责任：
- 公司违法对员工进行罚款，可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 若因违法罚款引发劳动争议，公司还可能承担诉讼费用、律师费用等额外成本。
四、建议与措施
公司角度：
- 公司应制定合理、合法的规章制度，明确规定迟到和旷工的罚款标准、适用条件等。
- 公司应确保规章制度的制定过程符合民主程序，并向员工公示或告知。
- 在对员工进行罚款时，公司应确保罚款的数额和方式合理、合法，避免违法罚款。
员工角度：
- 员工应了解公司的规章制度，明确自己的权利和义务。
- 若公司违法对员工进行罚款，员工应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司因员工迟到和旷工进行罚款是否违法，需根据公司的规章制度、罚款的数额和方式以及相关法律法规的规定进行综合判断。若公司规章制度合法、罚款数额和方式合理，则罚款行为可能是合法的；反之，则可能违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。