结论：被骗了16万协商要回13万，这一行为本身并不违法，但具体是否合法还需结合协商的过程、内容以及是否存在其他违法情形来综合判断。
分析说明：
协商还款的合法性基础：
- 在民事法律关系中，双方当事人有权在平等、自愿的基础上，就债务的偿还进行协商。这种协商是民事法律行为的一种，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
- 在您的情况下，被骗16万后，与对方协商要回13万，这本质上是一种债务减免或部分和解的协议。只要双方达成一致，且没有损害国家、集体或第三人的利益，这种协商就是合法的。
可能存在的违法情形：
- 欺诈、胁迫：如果在协商过程中，对方存在欺诈、胁迫等行为，导致您在违背真实意愿的情况下达成协议，那么该协议可能因违法而无效。
- 恶意串通：如果双方恶意串通，以损害国家、集体或第三人的利益为目的进行协商，那么该协议同样违法无效。
- 违反法律强制性规定：如果协商的内容或方式违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法行为，那么该协商也是违法的。
协商后的法律后果：
- 如果协商是合法有效的，那么一旦双方达成协议并履行完毕，您就不能再就剩余的3万元向对方主张权利（除非存在法定或约定的撤销事由）。
- 如果协商过程中存在违法情形，导致协议无效或被撤销，那么您仍然有权就全部被骗金额向对方主张权利，并可以通过法律途径追讨。
法律建议：
- 保留证据：在协商过程中，务必保留好所有相关的证据，如聊天记录、转账记录、协议文本等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中至关重要。
- 谨慎协商：在协商时，要确保自己的意愿是真实的，不受任何欺诈、胁迫或恶意串通的影响。如果对协商过程或内容有疑虑，建议咨询专业律师的意见。
- 及时维权：如果发现协商过程中存在违法情形，或者对方未按照协议履行义务，要及时通过法律途径维护自己的权益。
特殊场景提醒：
- 如果您怀疑对方存在诈骗等犯罪行为，除了协商还款外，还应及时向公安机关报案，以便追究对方的刑事责任。
- 在协商过程中，如果对方提出涉及非法活动的建议或要求，您应坚决拒绝，并及时向相关部门举报。
行动建议：
- 如果您已经与对方达成协商并要回了13万，但担心剩余款项的追讨或协商过程的合法性，建议您咨询专业律师进行详细评估。
- 如果您尚未与对方达成协商，或者协商过程中遇到困难，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。