非法经营罚款一般由市场监督管理部门或相关行业主管部门处理，具体取决于经营行为的性质和行业领域。以下是详细说明：

1. 市场监督管理部门
   根据《无证无照经营查处办法》及《市场监督管理行政处罚程序规定》，若非法经营行为涉及未取得营业执照、超出经营范围或违反市场监管相关法规（如销售假冒伪劣商品、虚假宣传等），通常由市场监督管理部门（原工商局、质监局、食药监局合并后的机构）负责查处并作出罚款决定。

2. 行业主管部门
   若非法经营行为涉及特定行业（如金融、烟草、药品、危险化学品等），则由对应的行业主管部门处理。例如：

   • 非法从事金融业务（如非法集资、无证放贷）由地方金融监管局或银保监会查处；
     
   • 非法经营烟草制品由烟草专卖局查处；
     
   • 非法经营药品或医疗器械由药品监督管理部门查处。
     

3. 公安机关（涉及刑事犯罪时）
   若非法经营行为情节严重（如数额巨大、造成严重后果），可能构成《刑法》第二百二十五条规定的非法经营罪，此时案件会移交公安机关立案侦查，后续罚款可能作为刑事处罚的一部分由法院判决。

建议：若您或他人涉及非法经营被罚款，需先确认处罚主体是否合法（如是否具备行政处罚权），再根据处罚决定书内容判断是否需要申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节，可直接向我咨询进一步分析。