核心结论：针对农村土地承包经营权证与二轮承包情况不符、权属不清且涉及整个小组的重大纠纷，在再延包过程中，可通过以下方式处理：

1. 组织小组内部协商
   • 协商主体与目的：由村民小组组长牵头，组织涉及纠纷的所有农户共同参与协商会议。目的是让各方充分表达自己对土地承包经营权的诉求和看法，了解彼此的立场和争议焦点，尝试在小组内部达成一致的解决方案。
   • 协商内容：围绕土地承包经营权证与二轮承包不符的具体情况展开，例如哪些地块的权属存在争议、争议的原因是什么（是登记错误、历史遗留问题还是其他原因）等。同时，讨论再延包时如何合理分配土地，确保每个农户的合法权益得到保障。
   • 协商成果处理：如果协商达成一致意见，应形成书面协议，明确各方的权利和义务，包括土地的边界、面积、承包期限等。该协议需经所有参与协商的农户签字确认，作为后续处理纠纷和再延包的依据。
2. 申请政府相关部门介入调解
   • 调解主体：若小组内部协商无法解决纠纷，可向当地的农村土地承包仲裁委员会或乡镇人民政府、街道办事处等政府部门申请调解。这些部门具有专业的调解人员和丰富的调解经验，能够更客观、公正地处理纠纷。
   • 调解程序：申请人需向相关部门提交书面调解申请，说明纠纷的基本情况、自己的诉求和理由等。相关部门受理申请后，会安排调解人员进行调查核实，了解纠纷的来龙去脉。然后组织双方当事人进行调解，调解过程中调解人员会听取双方的意见，提出合理的调解方案。
   • 调解结果效力：如果双方当事人达成调解协议，该协议具有法律效力，双方应按照协议履行各自的义务。如果一方不履行协议，另一方可以向人民法院申请强制执行。
3. 通过法律诉讼途径解决
   • 诉讼主体与条件：当协商和调解都无法解决纠纷时，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。诉讼主体为涉及土地承包经营权纠纷的农户或村民小组。提起诉讼需满足一定的条件，如原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖等。
   • 诉讼程序：原告向法院提交起诉状，法院受理后会在规定的时间内将起诉状副本送达被告，被告需在规定的期限内提交答辩状。然后法院会安排开庭审理，在庭审过程中，双方当事人可以陈述自己的观点、提供证据、进行辩论等。法院会根据双方提供的证据和法律规定作出判决。
   • 诉讼结果执行：如果法院判决支持原告的诉讼请求，被告应在判决规定的期限内履行义务。如果被告不履行判决，原告可以向法院申请强制执行，法院会采取相应的强制措施，如查封、扣押、冻结被告的财产等，以确保判决的执行。
4. 在再延包过程中明确权属与规范登记
   • 权属调查与确认：在处理完纠纷后，进行再延包工作时，相关部门应组织专业人员对小组内的土地进行全面的权属调查。通过查阅历史档案、实地测量、询问当事人等方式，准确确定每块土地的承包经营权归属。
   • 规范登记颁证：根据权属调查结果，按照规定的程序和要求，对土地承包经营权进行重新登记颁证。确保土地承包经营权证上的信息准确无误，与实际情况相符，避免再次出现权属不清的问题。同时，建立健全土地承包经营权登记档案，方便日后查询和管理。