农村建房合同纠纷的管辖问题，确实需要根据纠纷的具体性质和内容来确定。这类纠纷可能涉及多个方面，包括土地权属、建设规划、施工合同以及相邻关系等，因此，不同的纠纷类型会有不同的管理部门和处理方式。

首先，如果是土地权属纠纷，这主要由当地人民政府或国土资源管理部门负责处理。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，应先由当事人协商解决；协商不成的，再由人民政府处理。如果对人民政府的处理决定不服，还可以在规定时间内向人民法院起诉。

其次，对于建设规划纠纷，这通常由乡镇人民政府或县级住房和城乡建设部门负责处理。农村建房需要符合村庄规划，如果未经批准擅自建设，将受到法律制裁。对于违反规划的建设行为，相关部门有权采取责令停止建设、限期改正或拆除等措施。

再来看施工合同纠纷，这属于民事纠纷范畴，主要通过司法途径解决。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，当事人可以向房屋所在地基层人民法院提起诉讼。法院将根据合同约定及实际履行情况判定责任归属，如果合同存在显失公平条款，当事人还可以主张撤销或变更。

此外，如果是相邻关系纠纷，比如采光权、通风权争议等，这由基层人民调解委员会或人民法院调解处理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产权利人应正确处理相邻关系。如果调解不成，还可以通过诉讼解决，法院将依据相邻关系原则作出裁决。

最后，对于一些复杂案件，可能需要自然资源、住建、农业农村等多部门联合调查处理。例如宅基地超面积建房纠纷，就需要国土部门核查土地性质，住建部门认定建筑合规性。同时，当事人也可以通过政府信访平台反映问题，信访部门将转交相关职能部门办理并跟踪督办。

综上所述，农村建房合同纠纷的管辖问题需要根据具体情况来确定。如果您遇到了这类纠纷，建议先明确纠纷的性质和内容，然后咨询相关部门或专业人士以获取更具体的帮助和指导。