结论：公司办理自离后，劳动者仍然有权获得其实际工作期间所产生的工资报酬，但用人单位在特定情况下可依法扣除部分工资。以下是对此问题的详细分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者为用人单位提供了劳动，无论是否自离，用人单位都有义务支付其实际工作期间的工资。工资支付应基于劳动者实际提供的工作量或服务，确保公平合理。这是劳动者付出劳动后应得的基本报酬，不受离职方式的影响。
二、用人单位可扣除工资的情形
经济损失赔偿：
- 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了实际经济损失，且用人单位能够证明损失的具体数额，那么用人单位可以要求劳动者赔偿损失。赔偿数额应从劳动者工资中合理扣除，但扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 扣除比例限制：根据相关规定，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
规章制度规定的扣除：
- 如果用人单位依法制定的规章制度明确规定了对擅自离职等违反劳动纪律行为的惩处措施，并且该规章制度已经过民主程序制定并向劳动者公示，那么在符合规定的情况下，用人单位也可能会按照制度扣除一定工资。
- 合法性要求：扣除工资必须基于合法、合理的规章制度，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、劳动者维权途径
协商沟通：
- 劳动者可以尝试与用人单位进行协商，明确工资数额及支付时间，争取和平解决工资支付问题。
投诉举报：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，说明情况并提供相关证据（如工作记录、工资条、劳动合同等）。劳动监察部门将依法进行调查处理，并责令用人单位限期支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如劳动监察部门未能及时解决问题，或者对处理结果不满意，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的赔偿金。
提起诉讼：
- 若劳动仲裁裁决后用人单位仍不履行义务，劳动者可向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。
四、特别注意事项
- 保留证据：劳动者在追讨工资过程中，应保留好相关证据，如工作记录、工资条、劳动合同等，以便在必要时提供证明。
- 合法维权：劳动者在维权过程中应遵守法律法规，不得采取过激行为或违法手段。
总结：公司办理自离后，劳动者仍有权获得工资，但具体支付情况需根据离职行为及用人单位的相关权益进行综合分析。在维权过程中，劳动者应了解相关法律法规，选择合适的途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。