结论：能否要求退还被扣的一半车费，需根据具体情况判断，主要涉及合同违约和公司规定合理性两个角度，以下为你详细分析：
- 从合同违约角度分析
- 当你购买大巴车票时，你与大巴运营公司之间就形成了一种运输合同关系。你支付车费，大巴运营公司有义务按照约定的时间、路线将你安全送达目的地。
- 如果你没有准时上车，这可能构成你一方违反合同约定。但能否扣一半车费，要看这种违约行为给大巴运营公司造成的实际损失大小。如果因为你的迟到，大巴运营公司没有遭受明显的额外损失，例如没有因为等你而延误发车时间、没有因此减少其他乘客的乘坐等，那么大巴运营公司扣一半车费的行为可能缺乏合理性，你有权要求其退还部分费用。
- 例如，大巴是按照既定时间准时发车，并没有因为你的迟到而改变行程，那么大巴运营公司扣一半车费就可能超出了其实际损失范围，你可以与运营公司协商要求退还多扣的费用；若协商不成，还可以通过向消费者协会投诉或者向法院起诉等方式来维护自己的合法权益。
- 从公司规定合理性角度分析
- 大巴运营公司可能会有自己的规定，对于乘客未准时上车的情况作出相应的处理措施，包括扣除一定比例的车费。然而，这种规定不能违反法律法规的强制性规定，也不能显失公平。
- 如果大巴运营公司能够证明其扣除一半车费的规定是在合理范围内，并且在你购票时已经明确告知了你这一规定（例如在车票上、车站公告栏或者购票平台上进行了显著提示），那么从合同自由和意思自治的原则出发，该规定可能具有一定的法律效力。在这种情况下，你想要追回被扣的车费可能会面临一定的困难。
- 但即便如此，如果该规定明显加重了你的责任，而减轻了运营公司的责任，例如无论何种原因迟到都扣一半车费，而不考虑运营公司是否因此受到实际损失，那么这种规定可能因显失公平而被认定为无效，你仍然可以主张退还多扣的费用。