面对他人侵占您公司房产的情况，这确实是一个需要严肃对待的法律问题。为了有效维护您公司的合法权益，我建议您按照以下步骤来处理：

一、保持冷静，明确权益

首先，请务必保持冷静，不要因为情绪激动而采取过激行为。明确您公司对房产的合法所有权，这是后续所有行动的基础。

二、收集证据，确保证据充分

1. 房产产权证据：收集并整理好房产证、购房合同、付款凭证等文件，这些是证明您公司对房产拥有合法所有权的关键证据。
2. 侵占事实证据：通过拍照、录像等方式记录侵占现场的情况，同时保存与侵占者的聊天记录、通话录音等，确保有足够的证据支持您公司的主张。

三、尝试协商，寻求和平解决

在证据充分的基础上，您可以尝试与侵占者进行协商，表明您公司的权益，并要求其停止侵占行为，限期搬离。协商过程中，可以形成书面记录，如协商备忘录，以备后续需要。

四、发送正式通知，表明法律立场

如果协商无果，您可以考虑委托律师发送律师函，严肃告知侵占者其行为的违法性及可能面临的法律后果。律师函作为法律证据，能够证明您公司已经依法主张了权利。

五、申请调解，寻求第三方协助

若侵占者仍然拒绝搬离，您可以向当地的人民调解委员会等机构申请调解。调解员会协助双方进行和解，并可能达成和解协议。这种方式程序简便、灵活，有助于节省时间和成本。

六、提起诉讼，维护合法权益

如果上述方法均无法解决问题，那么您公司有权向房产所在地的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提交起诉状和相关证据，请求法院判决侵占者停止侵占、返还房屋，并赔偿因此造成的损失。诉讼流程包括立案、审理和执行等阶段，您需要按照法院的要求配合完成。

七、特别提示

• 在整个处理过程中，请务必保持冷静和理性，依法行事，避免采取过激行为。
• 如果涉及复杂的法律问题或您不确定如何操作，建议及时咨询并委托专业律师处理。律师能够提供专业的法律意见和帮助，确保您公司的权益得到充分维护。

通过以上步骤，您公司可以有效地应对房产侵占问题，维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。