核心结论：汽车挂靠在公司名下，您只有土地（推测您可能想说“只有挂靠协议等部分材料” ），而挂靠公司有合同的情况下，需要分情况来保障自身权益，以下为您详细分析。

情况一：若您想确认挂靠协议的效力及自身权益

1. 协议效力层面：首先要看您手中的挂靠协议内容是否完整、合法。如果协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益，以及以合法形式掩盖非法目的等情形，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议一般是有效的。例如，协议中明确约定了挂靠期限、费用、双方权利义务等关键条款，双方也都签字盖章，这样的协议就具备法律效力。
2. 权益保障层面：即便挂靠公司持有合同，您手中的挂靠协议同样可以作为证明您与挂靠公司之间挂靠关系的重要证据。如果后续发生纠纷，比如挂靠公司不按照协议约定履行义务，如不按时办理车辆相关手续、乱收费等，您可以凭借手中的挂靠协议向法院起诉，要求挂靠公司承担违约责任，赔偿您的损失。

情况二：若您担心挂靠公司利用合同损害您的利益

1. 审查合同内容：您有权要求挂靠公司向您出示其持有的合同，仔细审查合同内容。重点查看合同中关于双方权利义务的约定是否与您手中的挂靠协议一致，是否存在对您不利的条款。比如，合同中是否约定了不合理的违约责任、高额的管理费用等。如果发现合同中有损害您利益的条款，您可以与挂靠公司协商修改合同。
2. 留存证据：在要求查看合同的过程中，要注意留存相关证据。比如，对合同内容进行拍照、录像，或者让挂靠公司出具书面说明，证明您已经知晓合同内容。这样，在后续发生纠纷时，您可以证明自己已经尽到了合理的审查义务，避免因不知情而承担不必要的责任。

情况三：若您想解除挂靠关系

1. 依据协议约定：查看您手中的挂靠协议中是否有关解除挂靠关系的约定。如果有约定，按照约定办理即可。例如，协议中约定挂靠期限为一年，期满后双方可以协商是否续签，如果您不想继续挂靠，在期满后通知挂靠公司解除挂靠关系即可。
2. 协商解除：如果协议中没有约定解除挂靠关系的条件，您可以与挂靠公司协商解除。在协商过程中，要注意明确解除的时间、方式以及双方的权利义务，如车辆过户手续的办理、费用的结算等。协商一致后，最好签订书面解除协议，以避免后续产生纠纷。
3. 诉讼解除：如果与挂靠公司协商不成，您可以向法院起诉，要求解除挂靠关系。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明存在解除挂靠关系的法定事由，如挂靠公司严重违约，导致您无法实现挂靠目的等。

温馨提示：在整个过程中，您要注意保留好所有与挂靠相关的证据，如挂靠协议、缴费凭证、沟通记录等。如果您在处理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。