结论：在交警的现场指挥下闯红灯，即使被电子监控设备拍摄到，也不属于违法行为，不会被认定为违章而遭受处罚。若因此收到违章记录，驾驶员有权进行申诉或行政复议以撤销该记录。
一、法律依据
《中华人民共和国道路交通安全法》第四十四条：机动车通过交叉路口时，应当按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通过。这一条款明确了在交警指挥下通行的合法性，即使与交通信号灯指示不一致，也应以交警指挥为准。
《中华人民共和国道路交通安全法》第三十八条：车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行。这一条款进一步强调了交警指挥的优先级，确保在特殊情况下交通能够有序、安全地进行。
二、处理方式与步骤
保留证据：
- 首要任务是收集并保留所有能证明你是在交警指挥下通过路口的证据，包括但不限于现场照片、行车记录仪视频等。这些证据需清晰展示交警的指挥动作、信号灯状态及你的车辆行驶情况，以便在后续申诉或复议中提供有力支持。
提交申诉或行政复议：
- 前往交警大队：携带驾驶证、行驶证及相关证据，亲自前往当地负责交通管理的交警大队，向工作人员说明情况并提交申诉材料。工作人员会对你的申诉进行初步审核，并告知你后续的处理流程。
- 网上申诉：如所在地支持网上申诉，可登录交通管理部门官方网站或相关APP，按指引完成申诉流程并上传证据。这种方式更加便捷，但需注意确保上传的证据清晰、完整。
- 行政复议：作为另一种选择，可向交警支队法制科提交行政复议申请，同样需附带详尽的证据资料。行政复议是一种更为正式的申诉方式，通常适用于对申诉结果不满意或认为申诉处理不公的情况。
等待审核与处理：
- 交通管理部门将对提交的申诉或复议材料进行审核，过程中可能会调取现场监控录像进行核实。审核周期通常为数个工作日至十数个工作日不等，具体时间因地区而异。
结果反馈与后续操作：
- 申诉/复议成功：若证据充分且合规，交通管理部门将撤销违章记录，不会对你进行任何处罚。此时，你可以放心地继续驾驶，无需担心违章记录的影响。
- 申诉/复议失败：若因证据不足或其他原因未能通过申诉或复议，你可进一步了解失败原因，考虑补充证据后再次申诉或接受相应处罚。在接受处罚时，应确保了解处罚的具体内容和依据，以便在必要时进行进一步的法律维权。
三、注意事项
证据的重要性：无论采取何种方式申诉，确凿的证据都是关键。务必确保提交的材料能够清晰、准确地反映当时的情况，以便交通管理部门能够准确判断并作出公正处理。
熟悉交通规定：了解并遵守当地的交通规则，特别是在遇到交警指挥与信号灯不一致时，应以交警指挥为准。这不仅是法律的要求，也是确保道路交通安全与顺畅的重要保障。
积极配合调查：在处理过程中，应保持冷静并积极配合交通管理部门的调查工作。如实陈述事实、提供证据，并尊重交通管理部门的处理决定。
四、特殊情况下的处理
- 如果交警的指挥存在明显错误或不当，导致你闯红灯并引发交通事故或其他严重后果，你有权向相关部门投诉或举报该交警的行为。同时，你也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如要求赔偿因交警错误指挥造成的损失等。
综上所述，当你在交警的指挥下闯红灯并被拍摄到时，不必过于担心。只要遵循上述处理指南，提供充分的证据进行申诉或行政复议，你的违章记录将被撤销，不会受到任何处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。