关于农村自建房使用权转让是否合法的问题，这主要取决于其背后的土地使用权类型以及转让是否遵循了相关法律法规和程序。以下是对此问题的详细解答：

一、农村土地使用权转让的法律依据

首先，我们需要明确的是，农村土地使用权（包括宅基地使用权、承包地使用权等）的转让在符合法律法规的前提下是合法的。具体来说，《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国农村土地承包法》等法律为农村土地使用权的转让提供了法律基础。

二、农村自建房使用权转让的实质

农村自建房通常建立在宅基地之上，因此其使用权的转让实质上往往与宅基地使用权的转让紧密相关。宅基地使用权是农村村民基于其集体经济组织成员身份而享有的福利性权利，用于建造自用住宅。

三、农村自建房（宅基地）使用权转让的合法情形

1. 本集体经济组织内部转让：

   • 在本集体经济组织内部，经集体经济组织同意，宅基地使用权可以在符合申请条件的成员间转让。这是宅基地使用权转让的主要合法情形。

2. 遵循特定程序：

   • 转让双方应签订书面转让合同，明确双方的权利和义务。
   • 转让合同应经过集体经济组织或村委会的同意，并办理相关变更登记手续，以确保转让的合法性和有效性。

四、农村自建房（宅基地）使用权转让的不合法情形

1. 向本集体经济组织以外的人员转让：

   • 通常情况下，向本集体经济组织以外的人员转让宅基地使用权是不合法的，因为宅基地具有福利性和保障性，其使用权应限于本集体经济组织成员之间。

2. 未经集体经济组织同意的转让：

   • 未经集体经济组织或村委会同意的宅基地使用权转让行为也是不合法的，这违反了宅基地使用权转让的程序性要求。

五、注意事项

1. 确保转让的合法性：

   • 在进行农村自建房使用权转让时，务必确保转让行为符合相关法律法规和程序要求，以避免因违法转让而引发的法律纠纷。

2. 保护各方权益：

   • 转让合同应明确双方的权利和义务，保护转让方和受让方的合法权益。同时，应确保转让行为不损害国家、集体和他人的利益。

3. 咨询专业意见：

   • 由于农村土地使用权转让涉及复杂的法律法规和程序要求，建议在转让前咨询专业律师或相关部门的意见，以确保转让行为的合法性和有效性。

综上所述，农村自建房使用权的转让在符合法律法规、满足特定条件和程序的前提下是合法的。但务必注意，转让行为应严格遵循相关法律法规和程序要求，以确保转让的合法性和稳定性。