结论：事故认定夫妻两人都是当事人，赔偿协议只有一人代签是否有效，需根据具体情况判断。一般来说，若另一方事后追认或代签方有明确授权，则协议有效；反之，则可能无效或存在效力瑕疵。

分析说明：

1. 代签行为的法律效力基础：

   • 根据《民法典》的相关规定，民事法律行为应当基于当事人的真实意思表示。在赔偿协议中，若一方代签，需确保代签行为得到了另一方的明确授权或事后追认，否则可能因缺乏真实意思表示而无效。

2. 夫妻共同作为当事人的情况：

   • 当事故认定夫妻两人都是当事人时，意味着两人在事故中均享有权利并承担义务。因此，在签订赔偿协议时，原则上应由两人共同签署，以确保协议的合法性和有效性。

3. 一人代签的有效性判断：

   • 有效情形：若另一方事后对代签行为进行了追认，或者代签方在代签时持有另一方的明确授权（如书面授权书、口头授权且事后得到确认等），则代签行为有效，赔偿协议对双方均具有约束力。
   • 无效或效力瑕疵情形：若另一方未对代签行为进行追认，且代签方在代签时未获得另一方的明确授权，则代签行为可能因缺乏真实意思表示而无效或存在效力瑕疵。此时，赔偿协议可能无法对双方产生约束力，或者仅对代签方产生约束力。

4. 实际操作建议：

   • 为避免纠纷和确保协议的合法性，建议在签订赔偿协议时，尽量由双方共同签署。若因特殊原因需一方代签，应确保代签方获得另一方的明确授权，并在协议中注明授权情况。
   • 若协议已签订且存在代签情况，建议及时与另一方沟通确认，确保其对协议内容无异议并进行追认。若另一方拒绝追认或存在争议，可考虑通过法律途径解决。

后续行动建议：

• 若您作为当事人之一，发现赔偿协议存在代签情况且未获得您的明确授权或追认，建议您及时与对方沟通协商，要求重新签订协议或确认原协议的效力。
• 若沟通无果或存在争议，您可考虑咨询专业律师（即我，付恒勇律师，专注于刑事辩护、交通事故、经济纠纷、婚姻家庭领域），通过法律途径维护自己的合法权益。

特殊场景提醒：

• 在某些特殊情况下，如一方因故无法亲自签署协议且紧急情况下需要立即签订协议时，可通过视频、电话等方式进行远程授权，并确保授权过程有记录可查。但即便如此，也建议在事后尽快补办书面授权手续以确保协议的合法性。