公司对于小休时间超过规定进行扣钱的做法，其合理性需分情况讨论，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
公司规章制度的角度：
- 公司有权根据自身经营管理的需要，制定合理的规章制度，包括关于员工休息时间的规定。如果公司的规章制度中明确规定了小休时间的上限，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么员工应当遵守。
- 在此情况下，如果员工小休时间超过了公司规定，公司依据规章制度进行扣钱，这一做法在规章制度合法有效的前提下，是具有一定的合理性的。但需要注意的是，扣钱的金额和方式应当合理，不能过度惩罚员工，否则可能构成违法。
法律法规的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利。公司应当保证劳动者每周至少休息一日，并且每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时。对于小休时间，虽然法律没有具体规定，但公司应当合理安排，确保员工有足够的休息时间以恢复体力，保障工作效率和身体健康。
- 如果公司的小休时间规定过于苛刻，或者扣钱行为违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），那么这一做法就是不合法的。员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
合理性判断的角度：
- 除了考虑公司规章制度和法律法规外，还需要从合理性的角度进行判断。例如，公司是否对所有员工一视同仁地执行了这一规定？扣钱的金额是否与员工违规的严重程度相匹配？公司是否提供了合理的申诉渠道让员工表达意见？
- 如果公司能够证明其规定是合理的，且执行过程中没有歧视或不当行为，那么扣钱做法可能在一定程度上是合理的。但如果公司存在不公平、不合理的行为，那么员工有权提出异议并寻求解决。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的小休时间规定或扣钱行为不合理，可以先与公司进行沟通协商，表达自己的意见和诉求。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应当制定合理、合法的规章制度，并确保执行过程中的公平性和合理性。同时，也应当尊重员工的休息休假权利，合理安排工作时间和休息时间，以维护良好的劳动关系和工作环境。
总结：公司对于小休时间超过规定进行扣钱的做法，其合理性取决于公司规章制度、法律法规以及合理性判断等多个因素。如果员工对此有疑问或不满，建议通过合法途径寻求解决。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。