结论：将违法收入进入个人账户用于发工资，法院在判决时通常会要求返还违法所得，并可能对相关责任人进行处罚。具体是否返还以及返还的金额和方式，需根据违法所得的具体情况、公司财务状况、员工权益保护等多方面因素综合判断。

分析说明：

1. 违法所得的处理原则：

   • 根据相关法律法规，违法所得应当被追缴或责令退赔。这意味着，如果公司或个人通过违法手段获得的收入被用于发放工资，这部分收入在法律上被视为违法所得，应当被追回或退赔。

2. 员工工资的支付责任：

   • 尽管工资来源于违法所得，但员工与公司之间存在劳动关系，员工有权获得劳动报酬。然而，这并不意味着员工可以保留通过违法所得支付的工资。在法律程序上，通常会先追缴违法所得，然后再考虑员工的工资支付问题。如果违法所得不足以支付员工工资，公司可能需要通过其他合法途径筹集资金来支付。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决时，会综合考虑多种因素，包括违法所得的具体情况、公司财务状况、员工权益保护等。如果违法所得数额较大，且公司财务状况良好，法院可能会判决全额返还违法所得，并要求公司通过合法途径支付员工工资。如果违法所得数额较小，或者公司财务状况困难，法院可能会根据实际情况作出灵活判决，以平衡各方利益。

4. 相关责任人的处罚：

   • 除了返还违法所得外，相关责任人还可能面临行政处罚或刑事责任。例如，如果公司负责人或财务人员故意将违法所得用于发放工资，可能构成共同犯罪或滥用职权等违法行为，将受到法律的制裁。

法律建议：

• 对于公司：应严格遵守法律法规，确保公司财务的合法性和透明度。避免将违法所得用于公司运营或员工工资支付，以免引发法律纠纷和处罚。
• 对于员工：如果发现公司使用违法所得支付工资，应及时向相关部门举报，并保留好相关证据。同时，也可以与公司协商解决工资支付问题，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
• 对于涉及违法所得的个人：应主动配合相关部门的调查和处理工作，如实说明情况并提供相关证据。如果确实存在违法行为，应积极承担法律责任并接受处罚。

后续行动建议：

• 如果您或您的公司涉及此类问题，建议立即咨询专业律师，以便更准确地了解法律后果和应对策略。
• 配合相关部门的调查工作，提供必要的证据和信息，以便尽快解决问题并减少损失。

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