公司通过微信发工资的合法性需根据具体情况来判断，在双方协商一致、符合法律法规，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，微信发工资是合法的。不过，若违反相关规定或存在税务风险等问题，则可能被认定为不合法。以下从不同角度为你详细分析：

合法的情况

1. 双方协商一致：如果公司与员工经过充分沟通，共同同意采用微信作为工资发放方式，并且在实际操作中能够确保工资准确、及时发放，这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。例如，公司在新员工入职时，就在劳动合同中明确约定工资通过微信发放，员工也签字表示同意，之后每月都按时足额发放工资，这种情况就是合法的。
2. 符合支付规定：《工资支付暂行规定》要求用人单位以货币形式按月支付给劳动者本人，但并未明确排除微信等电子支付方式。只要微信转账满足货币支付的本质要求，且不违反其他相关法律法规，即可视为合法支付方式。比如，微信转账的资金属于法定货币范畴，公司通过微信转账给员工发放工资，就符合货币支付的要求。
3. 临时应急处理：在特殊情况下，如公司财务系统故障或银行转账受阻时，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。例如，某公司财务系统突然出现故障，无法通过银行转账发放工资，而当天又是发薪日，公司及时与员工沟通，通过微信给员工发放了工资，待系统恢复后，再补做了相关手续，这种情况是合理的。

需要注意的问题与风险

1. 举证困难：若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。比如，员工主张公司未发放某个月工资，但公司称已通过微信发放，此时员工若无法提供有效证据证明公司未发放，就可能处于不利地位。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，同时劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。
2. 记录有效性：微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。例如，公司或员工可能出于某种目的删除或修改转账记录，导致在发生纠纷时无法提供真实有效的证据。所以，劳动者要注意定期备份相关记录，确保记录的完整性和真实性。
3. 系统故障风险：微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。比如，在发薪日当天，微信系统出现故障，导致公司无法按时给员工发放工资，或者发放的金额出现错误。公司应建立应急预案，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
4. 税务风险：通过微信发放工资可能不利于税务监管，公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。例如，公司未将通过微信发放的工资纳入税务申报范围，导致少缴税款，税务部门一旦查实，公司不仅需要补缴税款，还可能面临罚款等处罚。
5. 行业或地区规定：部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异，公司应遵守当地的相关规定进行工资发放。比如，某些金融行业的企业，出于资金安全和监管的要求，规定工资必须通过银行转账发放，不能使用微信等电子支付方式。

合法合规性建议

1. 明确合同约定：在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。例如，在劳动合同中明确写明“工资通过微信转账方式发放，发放时间为每月[具体日期]”，这样可以避免日后因工资支付方式产生纠纷。
2. 选择对公账户：为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。比如，公司可以通过对公账户将工资转入员工的微信钱包，同时保留好相关的转账记录和税务申报记录。

综上所述，公司通过微信发工资的合法性需综合考虑多种因素。在确保操作合规、妥善处理可能出现的问题，并充分保障劳动者权益的前提下，微信发工资是可以被视为一种合法的支付方式。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。