结论：借款4000元，加上利息和违约金，最终还款6000元是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于利息和违约金的计算方式及是否超过法定上限。

分析：

1. 利息的合法性：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若借款时LPR为3.85%，则年利率上限约为15.4%。
   • 假设借款期限为一年，合法利息上限约为4000元 * 15.4% = 616元。若利息超过此数额，超出部分将不受法律保护。

2. 违约金的合法性：

   • 违约金是借贷双方约定的，一方违约时应向对方支付的一定数额的货币。其合法性同样受法律保护，但不得过分高于实际损失。
   • 法律并未明确规定违约金的具体上限，但通常认为，违约金与利息之和不应超过法定利率上限的四倍（即上述LPR的四倍）。若违约金与利息之和超过此限额，超出部分可能被视为过高，法院有权根据实际情况进行调整。

3. 综合判断：

   • 若借款4000元，一年期利息为616元（假设利率为LPR四倍），且违约金设定合理（如不超过几百元），则总还款额6000元（本金4000元 + 利息616元 + 违约金约384元，此处违约金为估算值，实际需根据合同约定）在合法范围内。
   • 若利息或违约金单独或共同超过法定上限，则超出部分不受法律保护，借款人有权拒绝支付超出部分的金额。

建议：

• 审查合同条款：仔细审查借款合同中的利息和违约金条款，确保它们符合法律规定。
• 协商调整：若发现利息或违约金过高，可与出借人协商调整至合法范围内。
• 法律途径：若协商无果，且出借人坚持要求支付过高利息或违约金，借款人可寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

示例计算（假设借款期限为一年，LPR为3.85%）：

• 合法利息上限：4000元 * 15.4% = 616元
• 假设违约金为300元（合理范围内）
• 总还款额：4000元（本金） + 616元（利息） + 300元（违约金） = 4916元（此数额低于6000元，说明在合理利息和违约金下，总还款额应低于6000元）

若实际总还款额为6000元，且包含高额利息或违约金，则需根据上述分析判断其合法性，并考虑采取相应措施。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。