土地被以租代征的问题主要归属于自然资源部门（原国土资源部门）进行管理，同时，若涉及违法行为，还可能涉及农业农村部门、综合执法部门以及司法机关的介入。以下是对此问题的详细分析：

1. 自然资源部门（原国土资源部门）：

   • 管理职责：自然资源部门是土地管理的主要部门，负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用。在“以租代征”的情况下，自然资源部门有权对非法占用土地、改变土地用途等行为进行查处。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。未经批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。

2. 农业农村部门：

   • 管理职责：在农村地区，农业农村部门也承担着一定的土地管理职责，特别是与农村土地承包、流转等相关的管理工作。如果“以租代征”涉及农村土地承包经营权的非法流转或侵害农民利益，农业农村部门有权进行调查和处理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，农村土地承包经营权的流转应当遵循自愿、有偿、合法的原则，任何组织和个人不得强迫或者阻碍承包方进行土地承包经营权流转。

3. 综合执法部门：

   • 管理职责：在一些地区，综合执法部门可能负责查处包括土地违法在内的多种违法行为。如果“以租代征”行为被认定为违法，综合执法部门可能根据相关法律法规进行处罚。
   • 执法依据：综合执法部门在执法过程中，会依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规进行处罚，包括责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等。

4. 司法机关：

   • 介入情况：如果“以租代征”行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，司法机关将依法介入，对犯罪行为进行侦查、起诉和审判。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

法律建议：

• 如果您发现土地被“以租代征”且存在违法行为，建议首先向当地自然资源部门举报，并提供相关证据材料。
• 同时，您也可以咨询当地农业农村部门或综合执法部门，了解相关政策和执法情况。
• 如果行为构成犯罪，您还可以向公安机关报案，要求依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

可能后果：

• 对于非法占用土地的行为，自然资源部门将责令退还非法占用的土地，并可能处以罚款。
• 如果行为构成犯罪，犯罪嫌疑人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
• 对于受害者，如农民或土地使用权人，可以通过法律途径要求赔偿损失。

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